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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 4itt
タイトル
Crystal structure of iron soaked (5 min) ferritin from Pseudo-nitzschia multiseries
要素
Ferritin
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / ferritin / 4 helix bundle / iron storage / acetamido-cysteines
機能・相同性
機能・相同性情報
ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 104263 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
2.1-2.18
10.3
0.371
10384
1.053
1
100
2.18-2.26
10.7
0.3
10319
1.218
1
100
2.26-2.37
11.2
0.24
10343
1.174
1
100
2.37-2.49
12.1
0.187
10339
1.189
1
100
2.49-2.65
13.1
0.148
10398
1.154
1
100
2.65-2.85
14
0.11
10374
1.171
1
100
2.85-3.14
14.5
0.08
10452
1.202
1
100
3.14-3.59
14.7
0.068
10421
1.114
1
100
3.59-4.52
14.5
0.059
10499
1.072
1
100
4.52-50
14.3
0.03
10734
1.021
1
99.8
-
位相決定
位相決定
手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度
最低解像度
Rotation
2.1 Å
42.51 Å
Translation
2.1 Å
42.51 Å
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
MOLREP
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.11
データ抽出
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2144 / WRfactor Rwork: 0.1703 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.843 / SU B: 3.779 / SU ML: 0.102 / SU R Cruickshank DPI: 0.1707 / SU Rfree: 0.1619 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.2253
5181
5 %
RANDOM
Rwork
0.1759
-
-
-
obs
0.1784
103862
99.62 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK