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- PDB-4it5: Chaperone HscB from Vibrio cholerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4it5
タイトルChaperone HscB from Vibrio cholerae
要素Co-chaperone protein HscB homolog
キーワードCHAPERONE / structural genomics / HscB / Hsc20 / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster transfer complex / : / [2Fe-2S] cluster assembly / protein complex oligomerization / ATPase activator activity / protein folding / protein-folding chaperone binding
類似検索 - 分子機能
Co-chaperone Hsc20 / Co-chaperone HscB, C-terminal oligomerisation domain / HSCB C-terminal oligomerisation domain / HscB, C-terminal domain superfamily / HscB, C-terminal domain / DnaJ domain / DnaJ domain / Monooxygenase / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. ...Co-chaperone Hsc20 / Co-chaperone HscB, C-terminal oligomerisation domain / HSCB C-terminal oligomerisation domain / HscB, C-terminal domain superfamily / HscB, C-terminal domain / DnaJ domain / DnaJ domain / Monooxygenase / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Co-chaperone protein HscB homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Chaperone HscB from Vibrio cholerae.
著者: Osipiuk, J. / Gu, M. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年1月30日ID: 3HHO
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Co-chaperone protein HscB homolog
B: Co-chaperone protein HscB homolog
C: Co-chaperone protein HscB homolog
D: Co-chaperone protein HscB homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1889
ポリマ－80,9874
非ポリマー2005
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area37310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.430, 100.714, 70.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細putative biological unit is either dimer or tetramer

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要素

#1: タンパク質
Co-chaperone protein HscB homolog


分子量: 20246.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: hscB, VC_0751 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KTX9
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M cacodylate buffer, 40% PEG-3000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月29日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.6 Å / Num. all: 41638 / Num. obs: 41638 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 50.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 2.488 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.198.50.7722.4119351.19992.8
2.19-2.238.80.78220241.09195.9
2.23-2.2790.66220441.09798.5
2.27-2.329.30.52620821.13499.7
2.32-2.379.60.46120771.118100
2.37-2.429.80.40320921.133100
2.42-2.4810.10.33220771.103100
2.48-2.5510.10.28220941.144100
2.55-2.6210.10.24621001.171100
2.62-2.7110.10.21920671.186100
2.71-2.8110.50.19121101.312100
2.81-2.9215.10.22520911.499100
2.92-3.0515.20.16920851.507100
3.05-3.2115.20.13220861.656100
3.21-3.4115.20.120911.984100
3.41-3.68150.0821092.509100
3.68-4.05150.07220953.157100
4.05-4.6314.80.06921124.046100
4.63-5.8314.50.07321135.4100
5.83-5014.20.07321549.8999.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.152→48.56 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / FOM work R set: 0.7614 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 位相誤差: 30.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2585 4126 5.07 %random
Rwork0.2198 ---
obs0.2218 41550 98.64 %-
all-81461 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127 Å2 / Biso mean: 61.1333 Å2 / Biso min: 26.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5373 0 5 91 5469
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7027350
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047813
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9732086
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1518-2.17710.38921350.31232275241084
2.1771-2.20360.34511370.29352552268992
2.2036-2.23150.32151360.29062526266294
2.2315-2.26090.29311180.28412552267096
2.2609-2.29190.39521650.26952718288399
2.2919-2.32460.2921540.27212628278299
2.3246-2.35930.27771230.25927202843100
2.3593-2.39620.32971690.25427182887100
2.3962-2.43540.32441630.254626322795100
2.4354-2.47740.31031420.235726782820100
2.4774-2.52250.25981030.228127862889100
2.5225-2.5710.27081610.243626262787100
2.571-2.62350.3131440.2427472891100
2.6235-2.68050.3111360.233426552791100
2.6805-2.74290.27551500.246227462896100
2.7429-2.81140.29351140.246727212835100
2.8114-2.88750.30071310.246826952826100
2.8875-2.97240.2941520.24526932845100
2.9724-3.06830.35411110.261927542865100
3.0683-3.1780.31061700.252426192789100
3.178-3.30520.30911320.248327292861100
3.3052-3.45560.2861570.230626952852100
3.4556-3.63770.21751270.217827032830100
3.6377-3.86550.23611660.201227062872100
3.8655-4.16380.24311320.189226712803100
4.1638-4.58260.18791420.174827342876100
4.5826-5.2450.2131610.190326772838100
5.245-6.60550.29531420.230827002842100
6.6055-48.57210.20081530.18162679283299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.50220.9519-0.42510.6510.05110.27450.0122-0.0211-0.1105-0.0358-0.02930.0543-0.0529-0.0361-0.00060.30150.0094-0.00250.325-0.01960.334115.8705-3.231119.1225
20.2490.03860.25572.4813-0.30530.3037-0.0851-0.0140.05560.01550.2368-0.65190.105-0.061-0.00190.3956-0.0309-0.00370.3448-0.08650.388823.01774.4685-16.2918
32.31280.6030.51620.406-0.0250.18260.02560.07070.2029-0.0076-0.0324-0.01230.0514-0.02050.00070.2939-0.00670.02230.35630.03270.30911.660315.682319.0901
40.38290.0367-0.13422.37760.44780.2717-0.03180.06910.0713-0.08160.04730.7446-0.09190.0386-0.00020.4346-0.02260.01680.37870.06780.45474.7837.8748-16.4358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 170 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 170 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 170 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 170 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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