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万見
- PDB-4is7: Crystal Structure of the CASKIN2 SAM Domain Tandem -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4is7
タイトルCrystal Structure of the CASKIN2 SAM Domain Tandem
要素Caskin-2
キーワードPROTEIN BINDING / sterile alpha motif / scaffolding protein / SAM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Transcription Factor, Ets-1 ...Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Donaldson, L.W. / Kwan, J.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the CASKIN2 SAM Domain Tandem
著者: J., Kwan J. / Smirnova, E. / Saridakis, V. / Donaldson, L.W.
履歴
登録2013年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caskin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9991
ポリマ－18,9991
非ポリマー00
水00
1
A: Caskin-2

A: Caskin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9972
ポリマ－37,9972
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+5/61
Buried area3470 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.460, 96.460, 119.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Caskin-2 / CASK-interacting protein 2


分子量: 18998.607 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 483-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASKIN2, KIAA1139 / プラスミド: pET28 plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXE0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.4 M NaF, 15% glycerol, 0.1 M Tris-HCl, 0.5 mM protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
詳細: Collimating Mirror with two stripes (Si, Rh/Pt), Toroidal Focusing Mirror (Rh/P t)
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111), KOHZU double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly water-cooled first crystal and flat, long second crystal
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.751→48.509 Å / Num. all: 9004 / Num. obs: 9004 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 82.68 Å2
反射 シェル解像度: 2.7505→2.9229 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.751→48.509 Å / SU ML: 0.89 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2666 901 10.01 %
Rwork0.2485 --
obs0.2506 9004 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.046 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.1305 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.1305 Å20 Å2
3----0.1844 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.751→48.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1100 0 0 0 1100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.681526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.405412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7505-2.92290.35881460.34961312X-RAY DIFFRACTION100
2.9229-3.14850.36581450.32741307X-RAY DIFFRACTION100
3.1485-3.46530.36211470.29321325X-RAY DIFFRACTION100
3.4653-3.96650.28341490.24151335X-RAY DIFFRACTION100
3.9665-4.99660.23321510.21591360X-RAY DIFFRACTION100
4.9966-48.51690.23841630.23791464X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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