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- PDB-4is2: Crystal structure of the apo form of a 3alpha-hydroxysteroid dehy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4is2
タイトルCrystal structure of the apo form of a 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (BaiA2) associated with secondary bile acid synthesis from Clostridium scindens VPI12708 at 1.90 A resolution
要素Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD(P)-binding Rossmann-fold domains / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


3alpha-hydroxy bile acid-CoA-ester 3-dehydrogenase / 3alpha-hydroxy bile acid-CoA-ester 3-dehydrogenase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / bile acid catabolic process / response to bile acid / bile acid biosynthetic process / bile acid metabolic process / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding ...3alpha-hydroxy bile acid-CoA-ester 3-dehydrogenase / 3alpha-hydroxy bile acid-CoA-ester 3-dehydrogenase activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / bile acid catabolic process / response to bile acid / bile acid biosynthetic process / bile acid metabolic process / bile acid binding / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding / protein homotetramerization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3alpha-hydroxy bile acid-CoA-ester 3-dehydrogenase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium scindens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the apo form of a 3alpha-hydroxysteroid dehydrogenase (BaiA2) associated with secondary bile acid synthesis from Clostridium scindens VPI12708 at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3802
ポリマ－29,3451
非ポリマー351
水1,820101
1
A: Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,5218
ポリマ－117,3804
非ポリマー1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area9140 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area31000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.041, 93.178, 105.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Bile acid 3-alpha hydroxysteroid dehydrogenase


分子量: 29344.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium scindens (バクテリア)
株: VPI 12708
解説: The source organism was previously designated Eubacterium sp. (strain VPI 12708).
遺伝子: baiA, BAIA2 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: P19337
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-249) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 2.5M sodium chloride, 0.2M lithium sulfate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162, 0.97934, 0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979341
30.979151
反射解像度: 1.9→29.794 Å / Num. all: 21347 / Num. obs: 21347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.063 / Net I/av σ(I): 7.675 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 78306
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.953.70.8870.7581.7580615730.4520.8870.7581.7100
1.95-23.70.7080.6062559215050.3590.7080.6062100
2-2.063.70.5350.4572.7542314790.2720.5350.4572.7100
2.06-2.123.70.3650.3123.6526914320.1860.3650.3123.6100
2.12-2.193.70.2980.2554.4517014090.1520.2980.2554.4100
2.19-2.273.70.2370.2035.3502013580.120.2370.2035.2100
2.27-2.363.70.1940.1666.1484613080.0990.1940.1666.1100
2.36-2.453.70.1550.1337.2464412610.0780.1550.1337.2100
2.45-2.563.70.1360.1178.5442411990.0680.1360.1178.5100
2.56-2.693.70.1190.10210.3430411670.0590.1190.10210.3100
2.69-2.833.70.1080.09311.4403210970.0540.1080.09311.4100
2.83-33.70.0910.07914387010490.0450.0910.07914100
3-3.213.70.0790.06715.935609750.040.0790.06715.9100
3.21-3.473.70.0650.0561934039280.0320.0650.0561999.9
3.47-3.83.70.0520.04521.731268510.0250.0520.04521.799.9
3.8-4.253.60.0430.03723.327747660.0220.0430.03723.399.7
4.25-4.913.60.0440.03824.825246960.0220.0440.03824.899.8
4.91-6.013.60.0480.04223.520635790.0240.0480.04223.599.5
6.01-8.53.50.0480.04123.716304620.0240.0480.04123.798.9
8.5-29.7943.30.0420.03525.48262530.0220.0420.03525.493.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.794 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.463 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.107
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. CHLORIDE (CL) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. 4. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 6. THE SCATTERING FACTORS FOR SULFUR, CHLORINE AND SELENIUM ATOMS WERE ADJUSTED BY REFMAC 5.7.0032 TO ACCOUNT FOR ANOMALOUS DISPERSION BASED ON THE WAVELENGTH 0.91162 A (S f'= 0.16, Cl f'= 0.19, Se f'= -1.81). THE CROMER MANN c VALUES LISTED IN THE CIF VERSION OF THE FILE INCLUDE THIS CORRECTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1873 1097 5.1 %RANDOM
Rwork0.1616 20248 --
obs0.1629 21345 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.19 Å2 / Biso mean: 44.9133 Å2 / Biso min: 21.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å2-0 Å20 Å2
2--2.64 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 1 101 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9712297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72933845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4835236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2625.07269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24515277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.652159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1675.938878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.1655.941879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.652111099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9837.094808
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 71 -
Rwork0.291 1495 -
all-1566 -
obs--99.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.1884 Å / Origin y: 63.267 Å / Origin z: 68.8789 Å
111213212223313233
T0.0714 Å20.0001 Å20.0056 Å2-0.0788 Å2-0.0148 Å2--0.0896 Å2
L1.1577 °20.1051 °20.1795 °2-1.1567 °2-0.2648 °2--1.281 °2
S0.009 Å °0.0973 Å °-0.0998 Å °-0.0305 Å °-0.0357 Å °-0.0844 Å °0.0582 Å °0.0771 Å °0.0268 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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