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- PDB-4irv: Structure of the Helicobacter pylori CagA Oncogene Bound to the H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4irv
タイトルStructure of the Helicobacter pylori CagA Oncogene Bound to the Human Tumor Suppressor Apoptosis-stimulating Protein of p53-2
要素
  • Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
  • Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
キーワードPROTEIN BINDING / Virulence factor and tumor suppressor
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin transmembrane transporter activity / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of cell cycle / NF-kappaB binding ...toxin transmembrane transporter activity / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of cell cycle / NF-kappaB binding / SH3 domain binding / p53 binding / cell junction / molecular adaptor activity / cell cycle / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tetracycline Repressor; domain 2 - #130 / : / : / : / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2-like, N-terminal RA domain / Type IV secretion system CagA exotoxin / CagA exotoxin, phosphopeptide substrate mimic region / CagA, N-terminal / CagA exotoxin phosphopeptide substrate mimic region / CagA protein ...Tetracycline Repressor; domain 2 - #130 / : / : / : / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2-like, N-terminal RA domain / Type IV secretion system CagA exotoxin / CagA exotoxin, phosphopeptide substrate mimic region / CagA, N-terminal / CagA exotoxin phosphopeptide substrate mimic region / CagA protein / Tetracycline Repressor; domain 2 / SH3 domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen / Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Stebbins, C.E. / Nesic, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the Helicobacter pylori CagA oncoprotein bound to the human tumor suppressor ASPP2.
著者: Nesic, D. / Buti, L. / Lu, X. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
B: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
C: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
D: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
E: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
F: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
G: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2
H: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,3578
ポリマ－128,3578
非ポリマー00
水9,242513
1
A: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
E: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0892
ポリマ－32,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2070 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
F: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0892
ポリマ－32,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10350 Å2
手法PISA
3
C: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
G: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0892
ポリマ－32,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
4
D: Cytotoxicity-associated immunodominant antigen
H: Apoptosis-stimulating of p53 protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0892
ポリマ－32,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.641, 120.239, 100.659
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

21B-342-

HOH

31B-363-

HOH

41C-380-

HOH

51D-303-

HOH

61D-357-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cytotoxicity-associated immunodominant antigen / 120 kDa protein / CAG pathogenicity island protein 26


分子量: 25480.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: cagA, cag26, cai, HP_0547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55980
#2: タンパク質
Apoptosis-stimulating of p53 protein 2 / Bcl2-binding protein / Bbp / Renal carcinoma antigen NY-REN-51 / Tumor suppressor p53-binding ...Bcl2-binding protein / Bbp / Renal carcinoma antigen NY-REN-51 / Tumor suppressor p53-binding protein 2 / 53BP2 / p53-binding protein 2 / p53BP2


分子量: 6609.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASPP2, BBP, TP53BP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13625
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystals were grown by vapor diffusion at 25 degrees C using hanging drops formed from mixing a 2ul of the protein complex with 2ul of an equilibration buffer (21% polyethylene glycol (PEG) ...詳細: Crystals were grown by vapor diffusion at 25 degrees C using hanging drops formed from mixing a 2ul of the protein complex with 2ul of an equilibration buffer (21% polyethylene glycol (PEG) molecular weight 4 kDa, 200 mM Li2 SO4 , and 100 mM Tris pH 8.5) and 0.6ul of the Silver Bullets additive 43 (Hampton Research HR2-996-43). Significantly higher quality crystals were obtained from selenomethionine-substituted protein complexes and they were used for the final refinement, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→90.75 Å / Num. obs: 80050

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→90.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.95 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2341 3915 5 %RANDOM
Rwork0.18927 ---
obs0.19148 73785 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.06 Å20 Å20.24 Å2
2---0.99 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→90.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7017 0 0 513 7530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.027145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9091.9479603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.904315722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5115849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83425.718390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.826151301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.421536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.045→2.098 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 247 -
Rwork0.228 4839 -
obs--85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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