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- PDB-4iqw: Tdt core in complex with inhibitor (2Z,5E)-6-[4-(4-fluorobenzoyl)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iqw
タイトルTdt core in complex with inhibitor (2Z,5E)-6-[4-(4-fluorobenzoyl)-1H-pyrrol-2-yl]-2-hydroxy-4-oxohexa-2,5-dienoic acid and ssDNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*G)-3'
  • DNA nucleotidylexotransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR/DNA / terminal transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity ...DNA nucleotidylexotransferase / DNA nucleotidylexotransferase activity / DNA modification / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / response to ATP / euchromatin / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear matrix / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / chromatin / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain ...DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA nucleotidylexotransferase (TdT) / DNA-directed DNA/RNA polymerase mu / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / breast cancer carboxy-terminal domain / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase, thumb domain superfamily / DNA polymerase beta thumb / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1FQ / DNA / DNA nucleotidylexotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gouge, J. / Delarue, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: New nucleotide-competitive non-nucleoside inhibitors of terminal deoxynucleotidyl transferase: discovery, characterization, and crystal structure in complex with the target.
著者: Costi, R. / Cuzzucoli Crucitti, G. / Pescatori, L. / Messore, A. / Scipione, L. / Tortorella, S. / Amoroso, A. / Crespan, E. / Campiglia, P. / Maresca, B. / Porta, A. / Granata, I. / ...著者: Costi, R. / Cuzzucoli Crucitti, G. / Pescatori, L. / Messore, A. / Scipione, L. / Tortorella, S. / Amoroso, A. / Crespan, E. / Campiglia, P. / Maresca, B. / Porta, A. / Granata, I. / Novellino, E. / Gouge, J. / Delarue, M. / Maga, G. / Di Santo, R.
履歴
登録2013年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA nucleotidylexotransferase
C: 5'-D(*GP*CP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1734
ポリマ－44,8212
非ポリマー3522
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.650, 84.670, 114.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA nucleotidylexotransferase / Terminal addition enzyme / Terminal deoxynucleotidyltransferase / TDT / Terminal transferase


分子量: 43628.734 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: L398A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dntt, Tdt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09838, DNA nucleotidylexotransferase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*G)-3'


分子量: 1191.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-1FQ / (2Z,5E)-6-[4-(4-fluorobenzoyl)-1H-pyrrol-2-yl]-2-hydroxy-4-oxohexa-2,5-dienoic acid


分子量: 329.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12FNO5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN FRAGMENT IS THE CATALYTIC CORE OF THE TDT-S (TDT-SMALL) ISOFORM (UNP RESIDUES 132-482, 503-530).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG4000, 200 mM sodium formate, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月30日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.5 Å / Num. all: 14577 / Num. obs: 14429 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 59.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2089 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JMS

1jms


解像度: 2.6→47.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9309 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9011 / SU R Cruickshank DPI: 0.594 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.858 / SU Rfree Blow DPI: 0.282 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.275 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 732 5.07 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
obs0.1901 14428 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3175 Å20 Å20 Å2
2--4.2283 Å20 Å2
3----10.5458 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.333 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2820 40 25 187 3072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012956HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.033995HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1386SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2956HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion381SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3389SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 151 5.19 %
Rwork0.2047 2760 -
all0.2075 2911 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.63571.5989-1.16132.39961.34582.5635-0.0050.12850.1168-0.3313-0.0337-0.0888-0.25160.04050.0387-0.17390.0345-0.0021-0.14590.02460.167327.736511.46535.501
20.8420.21050.11052.1350.45960.4179-0.0241-0.12790.05810.1487-0.02820.30030.0008-0.08910.0523-0.19-0.0010.063-0.1807-0.02880.217612.029211.219329.917
34.1764-0.93391.21730-0.42170.9372-0.00540.3132-0.2098-0.0414-0.12750.22520.1347-0.08560.1329-0.17980.0094-0.0202-0.1244-0.09090.27457.4184-1.26428.6273
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|149 - 238}A149 - 238
2X-RAY DIFFRACTION2{A|239 - 453}A239 - 453
3X-RAY DIFFRACTION3{A|454 - 510}A454 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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