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- PDB-4iqr: Multi-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Compl... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 4iqr
タイトルMulti-Domain Organization of the HNF4alpha Nuclear Receptor Complex on DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
  • Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTranscription/DNA / Transcription Factor / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of growth hormone receptor signaling pathway / ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm ...regulation of growth hormone receptor signaling pathway / ornithine metabolic process / regulation of gastrulation / Nephron development / sex differentiation / phospholipid homeostasis / signal transduction involved in regulation of gene expression / triglyceride homeostasis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / locomotor rhythm / lipid homeostasis / Regulation of gene expression in beta cells / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to glucose / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / regulation of insulin secretion / xenobiotic metabolic process / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / fatty acid binding / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / negative regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / lipid metabolic process / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / blood coagulation / rhythmic process / Circadian Clock / glucose homeostasis / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking ...: / : / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chandra, V. / Huang, P. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Multidomain integration in the structure of the HNF-4 alpha nuclear receptor complex.
著者: Chandra, V. / Huang, P. / Potluri, N. / Wu, D. / Kim, Y. / Rastinejad, F.
履歴
登録2013年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
E: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
F: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
I: Nuclear receptor coactivator 2
J: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,73124
ポリマ－185,29412
非ポリマー1,43712
水00
1
A: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
B: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
C: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
I: Nuclear receptor coactivator 2
J: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,36512
ポリマ－92,6476
非ポリマー7186
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12330 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area35780 Å2
手法PISA
2
E: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
F: Hepatocyte nuclear factor 4-alpha
G: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,36512
ポリマ－92,6476
非ポリマー7186
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12150 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area36100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.786, 57.596, 166.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 6232.056 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*AP*GP*TP*TP*C)-3')


分子量: 6035.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABEFIJKL

#1: タンパク質
Hepatocyte nuclear factor 4-alpha / HNF-4-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / Transcription factor 14 / TCF-14 / ...HNF-4-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group A member 1 / Transcription factor 14 / TCF-14 / Transcription factor HNF-4


分子量: 38567.598 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 55-377 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNF4A, HNF4, NR2A1, TCF14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41235
#4: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1621.902 Da / 分子数: 4 / 断片: LxxLL motif peptide (unp residues 685-697) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596

-
非ポリマー , 2種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 25mM NH4Cl, 25mM MgCl2 and PEG 3350 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月14日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 51050 / Num. obs: 50948 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.688 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 3FS1 and 3CBB

3fs1

3cbb


解像度: 2.9→48.81 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2559 -RANDOM
Rwork0.239 ---
all0.241 50811 --
obs0.241 50589 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.75 Å20 Å2-19.39 Å2
2---5.22 Å20 Å2
3----5.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10083 1628 72 0 11783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg18.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.76
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.019
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 435 -
Rwork0.354 --
obs-8355 99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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