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- PDB-4iqf: Crystal Structure of Methyionyl-tRNA Formyltransferase from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iqf
タイトルCrystal Structure of Methyionyl-tRNA Formyltransferase from Bacillus anthracis
要素Methionyl-tRNA formyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure
機能・相同性
機能・相同性情報


methionyl-tRNA formyltransferase / methionyl-tRNA formyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Methionyl-tRNA formyltransferase, C-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain ...Methionyl-tRNA formyltransferase / Methionyl-tRNA formyltransferase, N-terminal domain / Methionyl-tRNA formyltransferase, C-terminal domain / Formyl transferase, C-terminal domain / Methionyl-tRNA Fmet Formyltransferase; Chain A, domain 2 / Formyl transferase, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, C-terminal / Formyl transferase, C-terminal domain / Formyl transferase-like, C-terminal domain superfamily / Formyl transferase, N-terminal domain / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase, active site / Phosphoribosylglycinamide formyltransferase active site. / Formyl transferase, N-terminal / Formyl transferase / Formyl transferase, N-terminal domain superfamily / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / Methionyl-tRNA formyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.378 Å
データ登録者Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Methyionyl-tRNA Formyltransferase from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年1月23日ID: 3RFO
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Methionyl-tRNA formyltransferase
B: Methionyl-tRNA formyltransferase
C: Methionyl-tRNA formyltransferase
D: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,26213
ポリマ－141,3314
非ポリマー9319
水9,080504
1
A: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6994
ポリマ－35,3331
非ポリマー3663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5213
ポリマ－35,3331
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4252
ポリマ－35,3331
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Methionyl-tRNA formyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6174
ポリマ－35,3331
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.856, 191.501, 89.946
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Methionyl-tRNA formyltransferase


分子量: 35332.676 Da / 分子数: 4 / 断片: Methionyl-tRNA Formyltransferase / 変異: full-length / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS3717, BA_4004, fmt, GBAA_4004 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q81WH2, methionyl-tRNA formyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % w/v Polyehtlyene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.378→50 Å / Num. obs: 4160 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 44.35 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4160 / Rsym value: 0.72 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.378→36.589 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: The structure was solved by SAD in P212121 space group and refined in P21 with twin-option.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 4171 5.03 %random
Rwork0.181 ---
all0.183 ---
obs0.183 -97.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.378→36.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9785 0 54 504 10343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410101
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.913709
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0283843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561576
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041754
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.378-2.41910.3151540.28313155330975
2.4191-2.4630.30612010.27483933423494
2.463-2.51030.28962130.25574021423493
2.5103-2.56140.3032070.25723914412194
2.5614-2.6170.26492230.25064003422693
2.617-2.67770.26032200.24193954417494
2.6777-2.74450.26192010.23084022422394
2.7445-2.81850.26151810.23323993417495
2.8185-2.90120.2332020.22324043424595
2.9012-2.99460.25882110.21874010422195
2.9946-3.10120.25661940.22324020421495
3.1012-3.22490.24732180.20664004422295
3.2249-3.37090.2191950.19734026422195
3.3709-3.54770.2012110.1874018422995
3.5477-3.76850.212370.16684003424094
3.7685-4.05720.16792000.15474000420094
4.0572-4.46120.18662080.13413933411193
4.4612-5.09710.13932120.12733891410391
5.0971-6.38560.17022310.15034018424994
6.3856-19.7670.20422070.15753755396287
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.73810.9701-0.02212.7697-1.00291.71990.07150.13240.1475-0.0726-0.17910.0692-0.0342-0.08450.09470.2160.0194-0.01620.268-0.01750.296338.8264112.394547.6586
22.0168-0.65250.16033.02530.91231.6261-0.0216-0.3561-0.17910.2403-0.0136-0.03190.06690.04870.01710.3807-0.06960.01110.34360.07310.203946.03296.974856.5214
34.3028-0.52520.38674.35510.37873.09070.0910.192-0.2989-0.5046-0.12520.00590.34460.10530.03510.57460.0090.02680.21020.03160.471250.21576.046735.3013
43.0403-1.28640.28622.16740.64021.90860.1363-0.03540.29790.0351-0.123-0.2534-0.13420.157-0.01540.2586-0.0832-0.05770.32380.03710.744924.119692.407588.9502
51.17920.7717-0.43825.4206-1.66071.47290.06420.0784-0.37450.39220.01640.360.129-0.0365-0.08830.41-0.0058-0.04030.2716-0.05660.784314.927966.326690.3252
62.6099-1.7994-1.18382.4195-0.47511.9768-0.07160.3991-0.0697-0.3017-0.11080.86460.2062-0.17670.20240.2722-0.0597-0.09530.3969-0.00230.70561.7064110.658939.1979
74.0541-0.9514-2.41032.8648-1.03012.4016-0.518-0.5430.22070.1093-0.03970.5796-0.32120.23270.62330.3124-0.0267-0.06350.4058-0.04990.65615.2766110.354350.4426
83.2864-1.4167-1.21711.91410.25591.68770.0349-0.1068-0.3270.08290.0005-0.21820.2319-0.0589-0.03820.3417-0.0796-0.03370.3735-0.05210.71349.9618104.172846.1796
91.92051.15780.27753.54631.462.4387-0.02220.34470.2286-0.0923-0.06340.0786-0.151-0.11520.08980.25350.0147-0.02920.31160.05470.532412.4195121.484535.0801
107.50352.84752.48865.72562.09585.9497-0.07771.1567-0.4181-0.28280.5024-0.84710.00171.1394-0.37750.3650.01980.03090.30860.08850.523921.7471119.262831.8355
111.65570.28-0.46792.69440.81382.2136-0.01-0.13350.41860.5405-0.1105-0.3468-0.12140.19490.07440.57610.0139-0.14550.30310.06310.968320.7409140.257552.119
125.0592-0.3362-2.01042.6321.09892.92520.35650.10340.39140.42440.0544-0.4448-0.2212-0.0702-0.38020.6687-0.055-0.01390.25220.03770.927418.6412151.867253.2944
132.04371.3485-1.06236.3581-5.06259.19230.3729-0.59820.62970.90490.04450.27170.4485-0.0945-0.42911.0383-0.0217-0.08840.3640.00610.916112.4793142.567460.1117
143.15510.2094-1.35144.3517-0.32193.4632-0.2055-0.7968-0.47891.6567-0.12960.2705-0.45690.32420.25621.0869-0.0328-0.10550.5477-0.06051.133121.0819149.382763.5143
152.3794-0.7747-0.07224.4061-1.35223.33570.0036-0.4013-0.2790.287-0.1915-0.57030.21750.15240.15970.2607-0.0419-0.07520.35360.05390.803561.533490.684897.3912
161.74630.18790.57621.0932-0.76365.08930.05040.2646-0.282-0.1591-0.0177-0.11790.1327-0.1101-0.01210.31240.0359-0.0920.35830.0070.805658.969791.294684.3029
171.72930.18690.00741.32450.19932.06530.1065-0.0668-0.3666-0.0762-0.16570.13090.32270.07540.06930.315-0.0365-0.09940.31710.06470.860950.454383.190595.0114
181.0467-0.13920.52082.7544-1.28862.4718-0.0427-0.18270.14050.1292-0.0620.098-0.1512-0.15710.11630.3216-0.0514-0.05990.3209-0.09050.742548.277102.3093101.3368
190.5285-0.72010.51890.9855-0.85561.4318-0.03560.05270.23010.0899-0.04760.0199-0.056-0.25370.07660.4248-0.0052-0.11950.2765-0.07540.785643.0312117.978183.4654
202.11360.615-0.1171.93291.01472.0115-0.05890.01970.6877-0.2170.0527-0.2713-0.1311-0.1076-0.04140.65330.0211-0.14030.29220.01331.061745.0056127.765479.7386
215.6946-0.1073-0.29461.630.43222.4235-0.12190.45940.5134-0.81950.0271-0.06-0.3204-0.15240.09950.79340.0128-0.11320.3941-0.06740.944344.3001128.313172.0881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 108 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 109 through 206 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 207 through 311 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -1 through 108 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 109 through 312 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid -2 through 22 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 23 through 41 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 42 through 99 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 100 through 186 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 187 through 206 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 207 through 261 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 262 through 277 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 278 through 298 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 299 through 312 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid -2 through 23 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 24 through 56 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 57 through 108 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 109 through 206 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 207 through 252 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 253 through 294 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 295 through 312 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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