PDB-4iqd: Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iqd

タイトル

Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmutase from Bacillus anthracis

要素

Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta structure / TIM-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

methylisocitrate lyase / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / methylisocitrate lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Carboxyvinyl-Carboxyphosphonate Phosphorylmutase from Bacillus anthracis
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年1月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年1月23日	ID: 3IH1
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Structure summary
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iqd.cif.gz	238.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iqd.ent.gz	193.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4iqd_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4iqd_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	4iqd_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	4iqd_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/4iqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4iqe-d 1ep3-d 6syl-d 6gwy-1 3ioh-1 6nkf-1 1efh-d 5b7y-d 4ou4-1 5h6h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP02080

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

B: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

ヘテロ分子

67.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

B: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

ヘテロ分子

A: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

B: Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.543, 105.543, 114.684
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-656- HOH

#1: タンパク質	Carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase / Methylisocitrate lyase 分子量: 33648.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: prpB, yqiQ / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic 参照: UniProt: Q81QR8, UniProt: A0A6L7HJ56*PLUS, methylisocitrate lyase
#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20 PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.6 Å / Num. all: 50248 / Num. obs: 50248 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.2 Å² / R_sym value: 0.118 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 2398 / R_sym value: 0.822 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→48.574 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	2006	4 %	random
R_work	0.142	-	-	-
all	0.148	50212	-	-
obs	0.148	50212	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4442	0	30	341	4813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4602
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	6244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.461	1701
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	829

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.9995-2.0495	0.3324	135	0.2383	3254	3389	92
2.0495-2.1049	0.2774	141	0.2171	3425	3566	96
2.1049-2.1669	0.2434	142	0.1917	3409	3551	96
2.1669-2.2368	0.2295	139	0.1836	3410	3549	96
2.2368-2.3167	0.2275	138	0.1779	3407	3545	96
2.3167-2.4095	0.2123	146	0.1717	3447	3593	96
2.4095-2.5191	0.2424	139	0.1699	3422	3561	96
2.5191-2.6519	0.2038	145	0.1701	3427	3572	96
2.6519-2.8181	0.1938	142	0.1582	3442	3584	96
2.8181-3.0356	0.1945	146	0.1531	3459	3605	96
3.0356-3.341	0.2241	146	0.1433	3455	3601	96
3.341-3.8241	0.1529	143	0.1207	3493	3636	96
3.8241-4.8169	0.1567	147	0.1035	3505	3652	96
4.8169-42.4642	0.152	152	0.1208	3641	3793	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8461	0.0614	-0.4226	0.6804	-0.3323	0.7369	-0.0095	0.0784	-0.0379	-0.0463	0.0467	-0.0356	0.13	-0.1217	-0.0311	0.1793	-0.0289	-0.0282	0.2038	-0.0254	0.2336	-10.4383	41.2855	44.9825
2	2.5637	-2.326	0.2914	2.3739	0.1795	0.7839	-0.0929	0.0045	0.471	0.02	0.0393	0.0967	-0.3994	-0.1195	0.1455	0.304	-0.0072	-0.0057	0.3424	0.0141	0.3406	-18.1353	51.5012	66.0649
3	0.6552	0.2276	0.2058	0.7089	0.005	0.7703	-0.0081	-0.0158	-0.0381	0.0651	0.0124	-0.0425	0.0353	-0.0442	-0.0169	0.1859	0.0063	-0.0354	0.1576	0.0086	0.2276	-5.5833	38.2354	63.6752
4	0.3551	-0.0883	-0.0293	0.4414	-0.1252	0.3258	-0.0341	0.0512	-0.0395	0.0005	0.0445	-0.0787	-0.0262	0.0133	-0.0102	0.1693	-0.0235	0.0056	0.1962	-0.0284	0.2767	-1.4153	53.7097	37.0647
5	2.153	0.9143	-1.5156	2.08	-1.1442	2.5497	-0.0368	-0.1443	0.0844	0.1692	-0.0798	0.0583	-0.1791	-0.2754	0.1032	0.2609	0.0347	0.0643	0.271	-0.0305	0.3324	-29.325	72.6664	31.3318
6	0.9395	0.0484	0.3073	0.333	0.1542	0.4943	0.0677	-0.0711	-0.0324	0.0418	0.0032	0.0199	0.0348	-0.0874	-0.0699	0.1615	-0.0256	0.0201	0.204	0.015	0.2131	-21.4622	59.9005	30.1401
7	0.5074	-0.9045	0.1827	1.6196	-0.33	0.0701	0.0037	0.1253	-0.2107	-0.1613	0.0927	-0.1994	0.3597	0.0795	-0.0459	0.42	0.027	0.0312	0.3637	-0.0008	0.3444	-18.4852	49.5121	9.9918
8	1.1203	0.0251	-0.5817	0.7327	-0.2521	1.2848	-0.0588	0.044	-0.0234	-0.0688	0.01	0.0074	0.1204	-0.1273	0.0375	0.1923	-0.0111	-0.0028	0.2077	0.0277	0.2396	-25.3998	64.3684	12.3862
9	0.5074	0.0468	0.1542	0.5047	-0.247	0.7654	0.0235	-0.0383	0.0417	0.0029	0.0211	-0.0056	-0.0078	-0.0619	-0.0472	0.1479	-0.0174	0.0331	0.1669	-0.0103	0.2577	-6.8499	65.8654	29.0398
10	2.3433	0.5395	-0.525	2.9039	-0.4582	4.0022	0.0179	-0.1856	0.1222	0.0948	0.1428	-0.0363	-0.2511	0.0436	-0.1779	0.3291	-0.0021	-0.0402	0.321	-0.0726	0.3942	-23.6538	64.8022	60.834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 121 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 122 through 139 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 140 through 214 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 215 through 295 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 8 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 122 through 139 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 140 through 196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 197 through 282 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 283 through 296 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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