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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4iq8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3 from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann Fold / Dehydrogenase / Glyceraldehyde-3-phosphate Binding / Nucleus and Cytoplasm | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / reactive oxygen species metabolic process / lipid droplet / gluconeogenesis ...Gluconeogenesis / Glycolysis / heme transport / melatonin binding / fungal-type cell wall / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / reactive oxygen species metabolic process / lipid droplet / gluconeogenesis / glycolytic process / NAD binding / NADP binding / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Liu, Q. / Niu, L. / Teng, M. / Li, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Preliminary crystallographic analysis of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 3 from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Liu, Q. / Wang, H. / Liu, H. / Teng, M. / Li, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 75.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 420.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3pymS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36808.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TDH3, GPD3, YGR192C, G7576 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P00359, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium malonate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月11日 |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→50 Å / Num. all: 14624 / Num. obs: 14571 / % possible obs: 99.7 % |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.53 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 7.71 / Num. unique all: 715 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PYM 解像度: 2.49→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.413 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.177 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.49→2.553 Å / Total num. of bins used: 20
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