PDB-4ipt: The crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ipt

タイトル

The crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (ethylated) from Veillonella parvula DSM 2008

要素

NAD-dependent epimerase/dehydratase

キーワード

LYASE / ISOMERASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Veillonella parvula (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.546 Å

データ登録者

Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a short-chain dehydrogenases/reductase (ethylated) from Veillonella parvula DSM 2008
著者: Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年1月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年2月6日	ID: 3R14
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ipt.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ipt.ent.gz	84.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ipt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ipt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hng-d 6ibw-1 5qaj-1 5aci-d 5qaz-2 5qad-4 5qao-1 5qa4-3 5qaz-3 5qay-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC100850

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAD-dependent epimerase/dehydratase

ヘテロ分子

25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.681, 60.758, 68.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer.

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	NAD-dependent epimerase/dehydratase / short-chain dehydrogenases/reductase 分子量: 25083.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Veillonella parvula (バクテリア) 株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0111 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1BQI7

#1: タンパク質

NAD-dependent epimerase/dehydratase / short-chain dehydrogenases/reductase

分子量: 25083.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Veillonella parvula (バクテリア)
株: DSM 2008 / 遺伝子: Vpar_0111 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1BQI7

-
非ポリマー , 6種, 137分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05M CACL2, 0.1M BIS-TRIS:HCL, 30% (V/V) PEG MME 550, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: SI 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→42 Å / Num. all: 31918 / Num. obs: 31918 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 45
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.546→41.315 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2197	1618	5.08 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1882	31850	98.47 %
all	-	31850	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.546→41.315 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1730	0	34	130	1894

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1847
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.038	2500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.198	712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	318

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5464-1.5919	0.339	132	0.2577	2460	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5919-1.6433	0.3087	124	0.2452	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6433-1.702	0.2654	127	0.2311	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
1.702-1.7702	0.2681	135	0.2014	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7702-1.8507	0.2339	149	0.193	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8507-1.9483	0.2288	150	0.1846	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9483-2.0704	0.2069	136	0.1828	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0704-2.2302	0.239	141	0.179	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2302-2.4546	0.1931	119	0.1795	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4546-2.8098	0.226	140	0.1817	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8098-3.5397	0.2014	143	0.1848	2551	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5397-41.3294	0.2154	122	0.183	2411	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7621	0.4335	0.2249	2.4619	0.0798	6.5087	0.1088	-0.1674	-0.2756	0.2233	0.0582	-0.0958	0.3567	0.4045	-0.1215	0.229	0.0179	-0.0592	0.2312	-0.0526	0.1827	18.1313	49.4569	22.2256
2	3.9372	1.3701	-0.4217	2.7037	1.2287	5.853	0.5098	-0.2739	0.0059	0.6531	-0.1193	-0.1803	-0.5616	1.0882	-0.408	0.4191	-0.0337	-0.038	0.4124	-0.1064	0.2666	24.9052	55.7019	23.3223
3	4.8116	0.3413	-0.335	4.6331	-0.479	4.6618	0.008	-0.1537	0.0736	0.3988	0.284	-0.54	-0.4277	1.4193	-0.2312	0.296	0.0107	-0.0869	0.5289	-0.1757	0.348	29.514	53.3098	17.6649
4	7.6476	0.7486	-0.3837	2.5823	1.2807	2.2749	-0.3306	0.2067	-0.5981	0.2199	0.7231	-0.0314	0.0986	0.7881	-0.1608	0.2631	0.0512	-0.0141	0.3578	-0.1357	0.2081	20.857	49.4978	11.7631
5	5.3775	-6.8332	1.4073	9.8487	-2.5528	5.1526	0.1684	0.8208	0.3563	-0.5499	0.1121	-0.8819	-0.1754	1.0607	-0.1865	0.2457	-0.1248	0.0248	0.5792	-0.1453	0.3188	25.4317	50.6713	3.3775
6	6.3029	-3.2681	0.9034	4.2543	-1.0312	3.2026	-0.109	0.4173	-0.2613	0.0011	0.1565	0.0213	0.0633	0.2041	-0.0189	0.2085	-0.0223	-0.0159	0.2252	-0.0577	0.1775	12.1679	49.4017	6.6508
7	3.1124	2.5051	0.3453	5.0857	1.0475	4.253	-0.3303	0.8011	1.6613	-0.791	0.2869	0.5577	-1.1172	-0.4385	0.1838	0.3738	0.0393	-0.0881	0.3175	0.0986	0.4854	-0.6576	64.5074	4.0432
8	7.0268	-5.2172	-0.3623	3.9184	0.6091	2.0515	0.0817	0.7833	0.2096	-0.6865	-0.1531	-0.3261	-0.534	0.4256	0.0691	0.3645	-0.1229	-0.0251	0.3819	0.0166	0.2008	13.033	56.3518	-0.1042
9	4.1057	-0.8632	-0.3529	4.16	2.0854	4.2324	-0.2313	0.1682	0.0158	0.1345	0.2714	-0.0756	0.0532	0.3063	0.0257	0.1444	-0.0239	-0.0048	0.148	-0.0108	0.1338	9.6792	50.3485	9.1108
10	4.9926	-1.0152	1.4566	3.9181	0.6352	2.4111	-0.1781	-0.3375	-0.0467	0.4958	0.0064	0.1966	-0.0156	-0.4436	0.1397	0.2371	-0.009	0.0485	0.2403	-0.0068	0.1753	2.9508	50.4756	17.8995
11	3.5763	0.5427	-1.1364	4.0339	0.3952	4.6969	-0.2412	0.1361	-0.5745	0.2967	0.2264	-0.4861	0.9504	0.0557	0.0422	0.3339	0.0023	0.0017	0.1895	-0.0514	0.2863	9.2588	40.1301	10.9689
12	3.0793	-1.0702	-2.2768	6.3916	0.0699	3.8635	-0.1222	-0.1651	0.3621	0.1234	0.1985	0.5402	-0.51	-0.6382	-0.0814	0.2853	0.088	0.0369	0.3235	-0.066	0.3817	-5.4803	60.6401	15.8375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 94 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 95 through 113 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 114 through 125 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 126 through 141 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 142 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 156 through 190 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 191 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 207 through 218 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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