PDB-4ip4: Crystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp....

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ip4

タイトル

Crystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp. tm1040 liganded with Mg

要素

Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein

キーワード

ISOMERASE / Enolase fold / L-FUCONATE DEHYDRATASE / Glycerol in the active site

機能・相同性

機能・相同性情報

L-fuconate dehydratase / L-fuconate dehydratase activity / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.128 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of l-fuconate dehydratase from Silicibacter sp. tm1040 liganded with mg
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Lukk, T. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ip4.cif.gz	340.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ip4.ent.gz	276.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ip4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ip4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/4ip4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hxtS 4ip5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ip5-d 5lsm-2 4l65-d 4f4r-2 3bw4-1 4q4k-d 2j0s-d 3sjn-d 3l7r-d 4uwq-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein

B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein

ヘテロ分子

95.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.051, 141.332, 59.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme-like protein 分子量: 47334.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruegeria sp. TM1040 (バクテリア) 遺伝子: TM1040_3391 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1GLV3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素分子量: 44.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Hepes, 0.2M Magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.128→38.588 Å / Num. all: 48729 / Num. obs: 48729 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2HXT

2hxt

解像度: 2.128→38.588 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1834	2463	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1402	-	-	-
all	0.1425	48729	-	-
obs	0.1425	48729	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.128→38.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6594	0	32	533	7159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.051	9205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.326	2476
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1005
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.128-2.1689	0.2302	145	0.145	2416	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1689-2.2132	0.2037	126	0.1375	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2132-2.2613	0.2002	132	0.1299	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2613-2.3139	0.2021	127	0.1364	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3139-2.3718	0.2023	136	0.1422	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3718-2.4359	0.2046	131	0.1369	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4359-2.5075	0.2043	124	0.1411	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5075-2.5885	0.1984	142	0.1454	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5885-2.681	0.2461	147	0.1385	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-2.7883	0.1685	140	0.1363	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7883-2.9151	0.1778	132	0.1435	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9151-3.0688	0.2084	108	0.1512	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0688-3.2609	0.1775	155	0.1565	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2609-3.5126	0.1712	131	0.1458	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5126-3.8657	0.1544	127	0.1393	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8657-4.4244	0.1558	151	0.121	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4244-5.5716	0.1718	154	0.1303	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5716-38.5946	0.1832	155	0.1549	2752	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

T11: 0.1309 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5947	-0.1541	0.1012	1.1001	0.0567	0.6758	-0.0119	-0.0123	-0.1222	0.1505	-0.0111	0.0695	0.1011	0.0507	0.0165	0.0024	0.0366	0.1084	0.0191	0.1508	22.1549	0.4564	13.3458
2	0.6039	-0.1423	-0.1212	0.8771	0.1159	0.6149	-0.012	-0.0348	0.0661	0.096	-0.0296	-0.0716	-0.0742	0.0744	0.0369	-0.029	-0.0127	0.1293	0.0122	0.1057	23.2654	34.5624	17.2317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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