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- PDB-4iou: Crystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iou
タイトルCrystal structure of the HIV-1 Vif binding, catalytically active domain of APOBEC3F
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
キーワードHYDROLASE / Catalytic Domain / Cytidine Deaminase / Cytidine deaminase-like / DNA binding / Cytidine deamination
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / transposable element silencing / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC3, cytosine deaminase domain / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Bohn, M. / Shandilya, S.M.D. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of the DNA Cytosine Deaminase APOBEC3F: The Catalytically Active and HIV-1 Vif-Binding Domain.
著者: Bohn, M.F. / Shandilya, S.M. / Albin, J.S. / Kouno, T. / Anderson, B.D. / McDougle, R.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Evans, L. / Davis, A.N. / Zhang, J. / Lu, Y. / Somasundaran, M. / ...著者: Bohn, M.F. / Shandilya, S.M. / Albin, J.S. / Kouno, T. / Anderson, B.D. / McDougle, R.M. / Carpenter, M.A. / Rathore, A. / Evans, L. / Davis, A.N. / Zhang, J. / Lu, Y. / Somasundaran, M. / Matsuo, H. / Harris, R.S. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2013年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references / Other / Refinement description
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
C: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
D: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1098
ポリマ－92,8484
非ポリマー2624
水1,58588
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2772
ポリマ－23,2121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2772
ポリマ－23,2121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2772
ポリマ－23,2121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2772
ポリマ－23,2121
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.790, 66.910, 75.640
Angle α, β, γ (deg.)110.75, 94.41, 108.83
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F


分子量: 23211.936 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP residues 185-373
変異: Y196D, H247G, C248R, C259A, F302D, W310K, Y314Y, Q315A, F363D, K355D, K358D
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 20% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GM/CA monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 22096 / Num. obs: 22560 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 31 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Locallymodified Blu-Ice GUI interface to EPICS controlデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NYT

2nyt


解像度: 2.751→36.457 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 位相誤差: 24.65 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1099 5.12 %
Rwork0.1934 --
obs0.1954 21463 95.97 %
all-22096 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å2-3.36 Å2-1.29 Å2
2---0.17 Å20.78 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.751→36.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5569 0 4 88 5661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7657897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3331877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7507-2.87580.31861180.2522449X-RAY DIFFRACTION92
2.8758-3.02740.27981490.2342598X-RAY DIFFRACTION97
3.0274-3.21690.26911370.21242547X-RAY DIFFRACTION97
3.2169-3.46510.28081230.19672582X-RAY DIFFRACTION97
3.4651-3.81350.21551480.17572542X-RAY DIFFRACTION96
3.8135-4.36460.18131310.17332572X-RAY DIFFRACTION97
4.3646-5.49590.22461570.16862531X-RAY DIFFRACTION96
5.4959-36.46020.22111360.20922543X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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