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- PDB-4iob: Crystal structure of the GGDEF domain of PA1120 (YfiN or TpbB) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iob
タイトルCrystal structure of the GGDEF domain of PA1120 (YfiN or TpbB) from Pseudomonas aeruginosa at 2.7 Ang.
要素Diguanylate cyclase TpbB
キーワードLYASE / TpbB / YfiN / ggdef / DGC / PF00990 / Diguanylate cyclase / GTP / c-di-GMP / cGpGp / cytosolic portion of a membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / GTP binding / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic sensor domain CHASE8 / Periplasmic sensor domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. ...Periplasmic sensor domain CHASE8 / Periplasmic sensor domain / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Diguanylate cyclase TpbB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Giardina, G. / Cutruzzola, F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Investigating the Allosteric Regulation of YfiN from Pseudomonas aeruginosa: Clues from the Structure of the Catalytic Domain.
著者: Giardina, G. / Paiardini, A. / Fernicola, S. / Franceschini, S. / Rinaldo, S. / Stelitano, V. / Cutruzzola, F.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase TpbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7073
ポリマ－17,5411
非ポリマー1662
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.351, 70.351, 106.866
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase TpbB


分子量: 17540.955 Da / 分子数: 1
断片: Diguanylate cyclase (GGDEF) domain, UNP residues 254-414
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1120, tpbB / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I4L5, diguanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 300nl+300nl of 3.7 mg/ml protein solution (100 mM NaCl, 10 mM Tris pH=8.0, 2% glycerol) and 0.1 M Sodium Citrate dehydrate pH 5.6, 35% v/v tert-butanol., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→40 Å / Num. all: 4359 / Num. obs: 4343 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 31.11
反射 シェル解像度: 2.78→2.94 Å / 冗長度: 9.77 % / Rmerge(I) obs: 0.607 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 666 / Rsym value: 0.685

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WB4

2wb4


解像度: 2.78→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 16.717 / SU ML: 0.335 / Isotropic thermal model: Isotropic / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27978 217 5 %RANDOM
Rwork0.27833 ---
obs0.27841 4095 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.11 Å2-1.06 Å20 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3---3.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1230 0 11 0 1241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0191260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.461.9811703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0025162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.26922.560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05815215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0771517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0310.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.021952
LS精密化 シェル解像度: 2.78→2.849 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 13 -
Rwork0.343 230 -
obs--95.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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