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万見
- PDB-4ink: Crystal structure of SplD protease from Staphylococcus aureus at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ink
タイトルCrystal structure of SplD protease from Staphylococcus aureus at 1.56 A resolution
要素Serine protease SplD
キーワードHYDROLASE / chymotrypsin-like protease / serine endopeptidase / extracellular staphylococcal proteases
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B / Trypsin-like peptidase domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease SplD
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Zdzalik, M. / Kalinska, M. / Cichon, P. / Wysocka, M. / Stec-Niemczyk, J. / Stennicke, H.R. / Jabaiah, A. / Markiewicz, M. / Wladyka, B. / Daugherty, P.S. ...Zdzalik, M. / Kalinska, M. / Cichon, P. / Wysocka, M. / Stec-Niemczyk, J. / Stennicke, H.R. / Jabaiah, A. / Markiewicz, M. / Wladyka, B. / Daugherty, P.S. / Lesner, A. / Rolka, K. / Dubin, A. / Potempa, J. / Dubin, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of SplD Protease from Staphylococcus aureus.
著者: Zdzalik, M. / Kalinska, M. / Wysocka, M. / Stec-Niemczyk, J. / Cichon, P. / Stach, N. / Gruba, N. / Stennicke, H.R. / Jabaiah, A. / Markiewicz, M. / Kedracka-Krok, S. / Wladyka, B. / ...著者: Zdzalik, M. / Kalinska, M. / Wysocka, M. / Stec-Niemczyk, J. / Cichon, P. / Stach, N. / Gruba, N. / Stennicke, H.R. / Jabaiah, A. / Markiewicz, M. / Kedracka-Krok, S. / Wladyka, B. / Daugherty, P.S. / Lesner, A. / Rolka, K. / Dubin, A. / Potempa, J. / Dubin, G.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease SplD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1821
ポリマ－22,1821
非ポリマー00
水5,927329
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.560, 175.560, 175.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-353-

HOH

21A-379-

HOH

31A-444-

HOH

41A-536-

HOH

51A-570-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine protease SplD


分子量: 22181.920 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-239 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_01938, splD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2FXC5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30-33% PEG2000 MME, 0.1-0.5 M potassium thiocyanate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→27.76 Å / Num. obs: 32697 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 20.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.56→1.65 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W7S

2w7s


解像度: 1.56→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.217 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21017 1697 5.2 %RANDOM
Rwork0.17886 ---
obs0.18044 30930 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.287 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1543 0 0 329 1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9532241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1255226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17325.82167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.37115285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.786153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.562→1.602 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 113 -
Rwork0.385 1984 -
obs--93.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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