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- PDB-4inf: Crystal structure of amidohydrolase saro_0799 (target efi-505250)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4inf
タイトルCrystal structure of amidohydrolase saro_0799 (target efi-505250) from novosphingobium aromaticivorans dsm 12444 with bound calcium
要素METAL-DEPENDENT HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / METAL BINDING SITE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALIC ACID / Amidohydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. ...Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of amidohydrolase sarp_0799 (target efi-505250) from novosphingobium aromaticivorans
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. ...著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
B: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
C: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
D: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,00529
ポリマ－169,8254
非ポリマー1,18025
水38,8402156
1
A: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
B: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,61917
ポリマ－84,9132
非ポリマー70715
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area23800 Å2
手法PISA
2
C: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
D: METAL-DEPENDENT HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,38512
ポリマ－84,9132
非ポリマー47310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7770 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.945, 61.024, 131.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
METAL-DEPENDENT HYDROLASE


分子量: 42456.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / 遺伝子: Saro_0799 / プラスミド: pet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GA79

-
非ポリマー , 5種, 2181分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸


分子量: 90.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.1M HEPES-NAOH, 0.2M CALCIUM CHLORIDE, 30% PEG 4000 , pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 239408 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 15.769 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DVT

2dvt


解像度: 1.48→49.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.649 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19008 7029 3 %RANDOM
Rwork0.14141 ---
obs0.14286 226059 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→49.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11133 0 49 2156 13338
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.96615600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8851426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.46923.594562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27152029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3761596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.814311542
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.1035420
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.05513032
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.518 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 544 -
Rwork0.253 16912 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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