PDB-4imq: Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4imq

タイトル

Structural Basis of Substrate Specificity and Protease Inhibition in Norwalk Virus

要素

3C-like protease
PEPTIDE INHIBITOR, syc8

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / Protease / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/1968/US (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Prasad, B.V.V. / Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate specificity and protease inhibition in norwalk virus.
著者: Muhaxhiri, Z. / Deng, L. / Shanker, S. / Sankaran, B. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Song, Y. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2013年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4imq.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4imq.ent.gz	66.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4imq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4imq_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4imq_full_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示
XML形式データ	4imq_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4imq_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imzC 4in1C 4in2C 4inhC 2fyqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fyr-1 4in1-1 4in2-2 3d5g-d 2kek-d 1c3i-d 6w6f-2 1bqo-d 3vcf-d 6p7a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3C-like protease

B: PEPTIDE INHIBITOR, syc8

ヘテロ分子

20 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3C-like protease

B: PEPTIDE INHIBITOR, syc8

ヘテロ分子

A: 3C-like protease

B: PEPTIDE INHIBITOR, syc8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.396, 122.396, 51.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-464- HOH
2	1	A-493- HOH
3	1	A-523- HOH

#1: タンパク質	3C-like protease / Genome polyprotein 分子量: 19310.180 Da / 分子数: 1 / 断片: norwalk virus protease (unp residues 1101-1281) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus Hu/1968/US (ウイルス) / 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: タンパク質・ペプチド	PEPTIDE INHIBITOR, syc8 タイプ: Oligopeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 545.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: peptide inhibitor, syc8
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE UNBOUND FORM OF THE PEPTIDE INHIBITOR SYC8 HAD AN ALDEHYDE GROUP THAT UNDERWENT TO REDUCTION ...THE UNBOUND FORM OF THE PEPTIDE INHIBITOR SYC8 HAD AN ALDEHYDE GROUP THAT UNDERWENT TO REDUCTION UPON REACTION WITH CYS 139

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 0.1-0.3 M potassium, thiocyanate and 25-30%, polyethylene glycol, monomethyl ether 2,000 , pH 7, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射	モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK HIGH-RESOLUTION DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR. LN2 COOLED FIRST CRYSTAL, SAGITTAL FOCUSING 2ND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 36665 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15.9 % / R_merge(I) obs: 0.069
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FYQ

2fyq

解像度: 1.5→31.59 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.185	1833	5.01 %
R_work	0.17	-	-
obs	0.171	36578	99.7 %
all	-	36665	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.77 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4279 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.4279 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.8558 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→31.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1324	0	7	243	1574

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	1416
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.639	1868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.63	494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.107	209
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5003-1.5409	0.2653	144	0.24	2568	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5409-1.5862	0.2193	132	0.2086	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5862-1.6374	0.2099	120	0.1768	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6374-1.696	0.1903	139	0.1656	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.696-1.7639	0.1774	135	0.151	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8441	0.1601	149	0.1535	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8441-1.9413	0.1915	139	0.1824	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9413-2.0629	0.1792	134	0.1649	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0629-2.2222	0.1915	147	0.1656	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2222-2.4457	0.1838	147	0.1734	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4457-2.7995	0.1898	146	0.1704	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7995-3.5263	0.1679	153	0.164	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5263-31.5949	0.184	148	0.1663	2901	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7185	-0.0996	0.3608	0.6495	-0.2447	0.3735	-0.007	0.0021	-0.0316	-0.0192	0.0283	0.0818	0.0392	-0.0668	-0.0201	0.0684	0.0133	0.0042	0.0628	0.0071	0.0575	-33.8865	-31.4511	-3.038
2	0.8033	0.1907	0.9146	0.4014	0.7373	1.7584	0.0094	-0.3083	0.0036	0.0214	-0.0407	0.3152	0.2368	-0.7223	-0.0156	0.1109	-0.0478	-0.0504	0.1641	0.0141	0.1964	-44.7909	-41.822	-7.053
3	0.8237	0.1326	0.3952	0.3986	0.2831	0.5942	0.0142	0.0022	-0.1669	-0.0613	0.0557	-0.0928	0.0955	0.0343	-0.075	0.1297	-0.0051	-0.0123	0.0897	-0.0064	0.1088	-34.7141	-44.4494	-5.3478
4	1.0134	-0.0978	-0.0382	0.6447	0.1312	0.0617	-0.1144	0.3141	-0.0035	-0.3411	0.0737	-0.0799	0.1754	0.0192	0.0102	0.1584	-0.0094	-0.0083	0.1244	-0.0046	0.0821	-32.8871	-33.619	-15.2452
5	0.1955	-0.0016	0.2117	0.8372	-0.1559	0.1085	-0.0084	-0.0388	-0.0708	0.1029	0.0045	-0.0225	-0.0343	0.0812	0.0031	0.0938	0.0162	-0.0006	0.0911	0.0156	0.0677	-27.2075	-29.5744	4.0382
6	0.1862	-0.2157	0.0966	0.251	-0.0181	0.1744	0.0056	-0.0288	-0.0161	0.2618	-0.0685	0.0331	-0.1165	-0.0315	-0.0282	0.1025	0.0042	-0.0273	0.0764	0.0192	0.0662	-27.8123	-34.8026	12.5958
7	0.3306	-0.1267	0.0435	1.2086	-0.0252	0.8202	-0.0721	-0.1593	-0.0727	0.0459	-0.0745	0.1962	-0.0607	-0.1632	0.0128	0.1016	-0.0085	-0.0158	0.1269	0.0096	0.1079	-27.8166	-39.3169	12.7211
8	0.5165	0.1492	0.2801	1.4682	-0.0691	0.9495	-0.002	0.0204	0.0808	0.0775	0.0353	-0.1822	-0.0915	0.0575	0.0326	0.0891	0.0114	0.0003	0.082	0.0114	0.0868	-27.9529	-28.882	5.108
9	0.4621	-0.1586	0.1105	1.1352	0.3366	0.2059	0.0124	-0.0514	0.0373	0.1168	0.0197	-0.1793	0.0239	0.1207	-0.026	0.0739	0.0064	-0.0059	0.0945	0.006	0.0875	-26.4795	-32.1471	3.1177
10	1.4393	-1.3219	-1.5106	1.8597	1.4263	1.7354	0.0512	-0.3053	0.1222	0.4144	-0.0092	0.0584	0.0915	-0.4622	0.0532	0.1776	0.0208	0.0117	0.1906	-0.0207	0.0881	-30.847	-33.1654	16.5512
11	3.193	0.6104	-1.4305	0.4575	0.0052	0.8719	0.2868	-0.7089	-0.8167	0.2315	-0.2444	-0.1185	0.1745	0.9189	0.0329	0.2193	0.0211	-0.0374	0.3457	0.0718	0.2757	-19.0102	-46.1761	7.4055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq -1:31)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 32:43)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 44:60)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 61:70)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 71:93)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 94:111)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 112:121)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 122:149)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 150:160)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 161:170)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 171:181)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)