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万見
- PDB-4imj: Novel Modifications on C-terminal Domain of RNA Polymerase II can... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4imj
タイトルNovel Modifications on C-terminal Domain of RNA Polymerase II can Fine-tune the Phosphatase Activity of Ssu72
要素
  • CG14216
  • CTD
  • Symplekin
キーワードHYDROLASE / Ssu72 / symplekin / CTD / CTD phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / histone locus body / mRNA 3'-end processing / tricellular tight junction / RNA Polymerase II Transcription Termination / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant ...Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Symplekin/Pta1 / Symplekin C-terminal / Symplekin/Pta1, N-terminal / Symplekin/PTA1 N-terminal / Symplekin tight junction protein C terminal / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Response regulator / Helix non-globular / Special / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Symplekin / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Luo, Y. / Yogesha, S.D. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Novel Modifications on C-terminal Domain of RNA Polymerase II Can Fine-tune the Phosphatase Activity of Ssu72.
著者: Luo, Y. / Yogesha, S.D. / Cannon, J.R. / Yan, W. / Ellington, A.D. / Brodbelt, J.S. / Zhang, Y.
履歴
登録2013年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Symplekin
B: CG14216
C: Symplekin
D: CG14216
F: CTD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4056
ポリマ－123,3105
非ポリマー951
水3,729207
1
A: Symplekin
B: CG14216
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7213
ポリマ－60,6262
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25410 Å2
手法PISA
2
C: Symplekin
D: CG14216
F: CTD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6853
ポリマ－62,6853
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.992, 127.992, 105.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質 Symplekin / LD45768p


分子量: 37495.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sym, CG2097, Dmel_CG2097 / プラスミド: pET28b derivative plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8MSU4
#2: タンパク質 CG14216 / LD40846p


分子量: 23130.279 Da / 分子数: 2 / Mutation: C13D, D144N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Ssu72, CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET28b derivative plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9VWE4, protein-serine/threonine phosphatase
#3: タンパク質・ペプチド CTD


分子量: 2058.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in eukaryotes. / 由来: (合成) Synthetic (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Optimized Ssu72-symplekin crystals were obtained with reservoir solution consisting of 12% PEG3350 (w/v) and 100 mM HEPE pH 8.5. To obtain the tertiary complex structure of Drosophila Ssu72- ...詳細: Optimized Ssu72-symplekin crystals were obtained with reservoir solution consisting of 12% PEG3350 (w/v) and 100 mM HEPE pH 8.5. To obtain the tertiary complex structure of Drosophila Ssu72-symplekin-CTD(phos.Ser5), crystals of Ssu72-symplekin were soaked in a mother solution containing 2 mM 19mer CTD(phos.Ser5) peptides overnight at room temperature , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月1日
放射モノクロメーター: Asymmetric cut single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 53994 / Num. obs: 53955 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 65.87 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.58→2.62 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.845 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2693 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.58→37.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9354 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9213 / SU R Cruickshank DPI: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 2731 5.08 %RANDOM
Rwork0.2107 ---
obs0.2123 53782 99.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 70.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9107 Å20 Å20 Å2
2---1.9107 Å20 Å2
3---3.8213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.368 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 0 5 207 8378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018290HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0511175HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4052SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes256HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1167HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8290HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1096SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9863SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.65 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 212 5.37 %
Rwork0.2444 3739 -
all0.245 3951 -
obs-2731 99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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