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万見
- PDB-4imh: Crystal Structure of Cytoplasmic Heme Binding Protein, PhuS, from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4imh
タイトルCrystal Structure of Cytoplasmic Heme Binding Protein, PhuS, from Pseudomonas aeruginosa
要素Hemin degrading factor
キーワードMETAL TRANSPORT / TRANSPORT PROTEIN / Heme Transport / Heme Oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemin-degrading HemS/ChuX domain / Haemin-degrading HemS.ChuX domain / HemS/ChuS/ChuX like domains / Heme iron utilization protein-like fold / : / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemin degrading factor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.976 Å
データ登録者Tripathi, S.M. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa cytoplasmic heme binding protein, Apo-PhuS.
著者: Tripathi, S. / O'Neill, M.J. / Wilks, A. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemin degrading factor
B: Hemin degrading factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9242
ポリマ－79,9242
非ポリマー00
水6,684371
1
A: Hemin degrading factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9621
ポリマ－39,9621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hemin degrading factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9621
ポリマ－39,9621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.730, 187.730, 42.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Hemin degrading factor


分子量: 39962.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: phuS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: O68880
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES(7.5), 25% polyacrylic acid 5100, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.09 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月5日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.09 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.976→46.93 Å / Num. obs: 51833 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.976→2.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HQ2

2hq2
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.976→41.978 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2215 2644 5.1 %
Rwork0.1753 --
obs0.1777 51820 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.976→41.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5418 0 0 371 5789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4527605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9752025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061830
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081008
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.976-2.01190.2891440.2222602X-RAY DIFFRACTION100
2.0119-2.05060.3151340.20412559X-RAY DIFFRACTION100
2.0506-2.09250.22151480.20052596X-RAY DIFFRACTION100
2.0925-2.1380.27331490.18482608X-RAY DIFFRACTION100
2.138-2.18770.24681630.18252572X-RAY DIFFRACTION100
2.1877-2.24240.22851280.1792625X-RAY DIFFRACTION100
2.2424-2.30310.23911300.16942592X-RAY DIFFRACTION100
2.3031-2.37080.19251370.17062631X-RAY DIFFRACTION100
2.3708-2.44730.22381270.16972571X-RAY DIFFRACTION100
2.4473-2.53480.27621300.18882649X-RAY DIFFRACTION100
2.5348-2.63630.2341370.19582624X-RAY DIFFRACTION100
2.6363-2.75620.28941420.20462585X-RAY DIFFRACTION100
2.7562-2.90150.25391240.20132624X-RAY DIFFRACTION100
2.9015-3.08320.22741340.22641X-RAY DIFFRACTION100
3.0832-3.32120.25791600.1882624X-RAY DIFFRACTION100
3.3212-3.65530.19081510.1652606X-RAY DIFFRACTION100
3.6553-4.18380.18021410.15032647X-RAY DIFFRACTION99
4.1838-5.26950.15891360.1362611X-RAY DIFFRACTION97
5.2695-41.98720.2431290.18562209X-RAY DIFFRACTION80
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44010.8944-0.31993.6055-0.40390.71170.0922-0.07490.21430.0824-0.0621-0.2024-0.00270.0663-0.02630.17410.00740.01740.2090.00730.128535.3699-0.06222.3618
22.50881.0252-0.53983.5617-0.25531.26850.1575-0.3858-0.35890.4339-0.3411-0.4865-0.04130.23070.13220.30770.0068-0.06680.29650.11440.3863.3385-24.47810.8049
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 354 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 8 through 354 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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