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万見
- PDB-4im2: Structure of Tank-Binding Kinase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4im2
タイトルStructure of Tank-Binding Kinase 1
要素Serine/threonine-protein kinase TBK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / serine/threonine kinase / BX795 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / STAT6-mediated induction of chemokines / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation / regulation of type I interferon production / T follicular helper cell differentiation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / STAT6-mediated induction of chemokines / positive regulation of xenophagy / positive regulation of TORC2 signaling / dendritic cell proliferation / regulation of type I interferon production / T follicular helper cell differentiation / serine/threonine protein kinase complex / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / Interleukin-37 signaling / cGAS/STING signaling pathway / TNFR1-induced proapoptotic signaling / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of macroautophagy / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / antiviral innate immune response / positive regulation of TORC1 signaling / peptidyl-threonine phosphorylation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / activation of innate immune response / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / positive regulation of interferon-beta production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / phosphoprotein binding / macroautophagy / Regulation of TNFR1 signaling / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / peptidyl-serine phosphorylation / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / nucleic acid binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / defense response to Gram-positive bacterium / protein phosphorylation / inflammatory response / innate immune response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #420 / TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #420 / TANK binding kinase 1, ubiquitin-like domain / TANK-binding kinase 1, coiled-coil domain 1 / TANK-binding kinase 1 coiled-coil domain 1 / TANK binding kinase 1 ubiquitin-like domain / : / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BX7 / Serine/threonine-protein kinase TBK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5001 Å
データ登録者Tu, D. / Eck, M.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Structure and ubiquitination-dependent activation of TANK-binding kinase 1.
著者: Tu, D. / Zhu, Z. / Zhou, A.Y. / Yun, C.H. / Lee, K.E. / Toms, A.V. / Li, Y. / Dunn, G.P. / Chan, E. / Thai, T. / Yang, S. / Ficarro, S.B. / Marto, J.A. / Jeon, H. / Hahn, W.C. / Barbie, D.A. / Eck, M.J.
履歴
登録2013年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月20日Group: Derived calculations
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase TBK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8123
ポリマ－76,1851
非ポリマー6272
水4,324240
1
A: Serine/threonine-protein kinase TBK1
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase TBK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6246
ポリマ－152,3702
非ポリマー1,2544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.924, 133.924, 85.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-930-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase TBK1 / NF-kappa-B-activating kinase / T2K / TANK-binding kinase 1


分子量: 76185.062 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1 to 657 / 変異: D135N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBK1, NAK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UHD2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BX7 / N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide


分子量: 591.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26IN7O2S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射モノクロメーター: MD2 micro-diffractometer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 31038 / Num. obs: 30831 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5-2.69199
2.69-2.96199.1
2.96-3.39199.6
3.39-4.27199.9
4.27-50199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5001→36.051 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2548 1541 5.02 %random
Rwork0.197 ---
all0.1998 30924 --
obs0.1998 30674 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99.727 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.7072 Å20 Å20 Å2
2---5.7072 Å20 Å2
3---11.4145 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5001→36.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4921 0 35 240 5196
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2866927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0041911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.58070.40491390.30442585X-RAY DIFFRACTION98
2.5807-2.67290.32971370.27342604X-RAY DIFFRACTION99
2.6729-2.77990.30611330.25482653X-RAY DIFFRACTION99
2.7799-2.90640.36851490.24242592X-RAY DIFFRACTION99
2.9064-3.05960.35021490.25122649X-RAY DIFFRACTION99
3.0596-3.25110.3051340.23772629X-RAY DIFFRACTION99
3.2511-3.5020.26751520.22522629X-RAY DIFFRACTION100
3.502-3.8540.27051280.2012665X-RAY DIFFRACTION100
3.854-4.41080.23421410.17772666X-RAY DIFFRACTION99
4.4108-5.55390.21241510.16422681X-RAY DIFFRACTION100
5.5539-36.05430.23151280.18512780X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4577-1.1935-1.65232.6611.57652.6248-0.05360.3597-1.3271-0.4666-0.15910.24080.6396-0.06220.18660.96150.04090.02040.6027-0.01010.9563103.587116.1109-31.8211
27.96613.1909-0.76918.9517-2.45928.9427-0.1552-0.6981-1.43210.04730.19051.13271.4258-0.4606-0.01260.719-0.03610.11950.75960.08741.009384.028615.8616-12.2474
32.29890.1958-0.26273.1221.05051.12950.0788-0.0078-0.0036-0.3237-0.07030.6053-0.2218-0.4045-0.02070.54620.0964-0.01090.60250.05210.576988.821244.9732-14.6026
42.8901-5.45010.60337.8868-0.81780.1517-1.1832-0.95240.25991.7671.0888-0.0638-0.0097-0.44490.24311.22120.3744-0.25591.2097-0.32351.00573.385288.0458-1.7925
54.2016-1.33021.10424.8095-0.17381.9624-0.165-0.472-0.52330.26820.2236-0.86770.41950.18960.01070.54420.0790.12690.63950.21910.5457108.011629.47960.6365
62.1005-3.71253.37337.3751-3.49830.5113-0.49-0.88230.2743-0.05280.5950.8374-0.1031-0.4865-0.07360.88850.31560.17261.0180.04421.084578.684570.2414-5.163
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq -1:216)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 217:270)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 271:470)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 471:526)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 527:604)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 605:657)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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