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万見
- PDB-4ile: Structure of human ADP-ribosylation factor-like 8A binding to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ile
タイトルStructure of human ADP-ribosylation factor-like 8A binding to GDP
要素ADP-ribosylation factor-like protein 8A
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GTPase / MEMBRANE TRAFFICKING
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal transport / azurophil granule membrane / beta-tubulin binding / ficolin-1-rich granule membrane / alpha-tubulin binding / spindle midzone / axon cytoplasm / chromosome segregation / protein transport / late endosome membrane ...anterograde axonal transport / azurophil granule membrane / beta-tubulin binding / ficolin-1-rich granule membrane / alpha-tubulin binding / spindle midzone / axon cytoplasm / chromosome segregation / protein transport / late endosome membrane / midbody / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / Neutrophil degranulation / synapse / GTP binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 8A/8B / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...ADP-ribosylation factor-like protein 8A/8B / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor-like protein 8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.676 Å
データ登録者Xie, Y. / Ren, J. / Cheng, Z. / Qian, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human ADP-ribosylation factor-like 8A binding to GDP
著者: Xie, Y. / Ren, J. / Cheng, Z. / Qian, H.
履歴
登録2012年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8982
ポリマ－21,4551
非ポリマー4431
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.032, 37.374, 39.315
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 8A / ADP-ribosylation factor-like protein 10B / Novel small G protein indispensable for equal chromosome ...ADP-ribosylation factor-like protein 10B / Novel small G protein indispensable for equal chromosome segregation 2


分子量: 21454.768 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL8A, ARL10B, GIE2 / プラスミド: pGEX-4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q96BM9
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 16% PEG 4000, 200mM NaCl, 100mM Tris-HCL (pH7.4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.676→39.315 Å / Num. obs: 5242 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル解像度: 2.68→2.74 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 631 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H18

2h18


解像度: 2.676→39.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7864 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2703 238 4.54 %RANDOM
Rwork0.1814 ---
obs0.1854 5242 98.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 7.85 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.98 Å2 / Biso mean: 14.8499 Å2 / Biso min: 2.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4706 Å2-0 Å20 Å2
2---2.537 Å2-0 Å2
3----0.9337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.676→39.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1421 0 28 55 1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2851997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.171561
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6759-3.37110.32791180.20052404252298
3.3711-39.31920.23691200.1726002720100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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