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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4il6 | |||||||||
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タイトル | Structure of Sr-substituted photosystem II | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Photosystem II (光化学系II) / Electron transfer (電子移動反応) / Light-Driven Water Oxidation / Membrane-Protein Complex / Oxygen Evolution (酸素発生) / Oxygen-Evolving Complex (酸素発生複合体) / Proton-Coupled Electron Transfer (プロトン共役電子移動) / Photosynthesis (光合成) / Reaction Centre / Sr-Substituted Photosystem II (光化学系II) / Substrate Water molecule / Trans-Membrane Alpha Helix | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Koua, F.H.M. / Umena, Y. / Kawakami, K. / Kamiya, N. / Shen, J.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Structure of Sr-substituted photosystem II at 2.1 A resolution and its implications in the mechanism of water oxidation 著者: Koua, F.H. / Umena, Y. / Kawakami, K. / Shen, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4il6.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4il6.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4il6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/4il6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3arc S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 AaVv
#1: タンパク質 | 分子量: 37029.234 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-344 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P51765, 光化学系II #16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-163 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A387 |
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-Photosystem II ... , 16種, 31分子 BbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZzR
#2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR1*PLUS #3: タンパク質 | 分子量: 49207.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR7*PLUS #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR8*PLUS, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7057.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19052*PLUS #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4195.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12240*PLUS #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3756.439 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-40 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19054*PLUS #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3835.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12312*PLUS #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR2*PLUS #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3777.559 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-31 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 10966.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P56152*PLUS #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR3*PLUS #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR4*PLUS #19: タンパク質 | 分子量: 6794.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR5*PLUS #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-35 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) 株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKM3 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9192.334 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-83 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3868.611 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 12-45 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Cell 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12239 |
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-糖 , 3種, 40分子
#32: 糖 | ChemComp-LMT / #35: 糖 | ChemComp-HTG / #36: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 17種, 2256分子
#21: 化合物 | #22: 化合物 | #23: 化合物 | ChemComp-CL / #24: 化合物 | ChemComp-CLA / #25: 化合物 | ChemComp-PHO / #26: 化合物 | ChemComp-BCR / #27: 化合物 | ChemComp-PL9 / #28: 化合物 | ChemComp-SQD / #29: 化合物 | ChemComp-LMG / #30: 化合物 | ChemComp-DMS / #31: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 #33: 化合物 | ChemComp-GOL / #34: 化合物 | ChemComp-LHG / #37: 化合物 | #38: 化合物 | ChemComp-HEM / #39: 化合物 | ChemComp-MG / #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | PRO279/CHAIN A(a) and LEU8/CHAIN M(m) HAVE BEEN CONFIRMED FROM THE ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCES ...PRO279/CHAIN A(a) and LEU8/CHAIN M(m) HAVE BEEN CONFIRMED FROM THE ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCES FOR THE CHAINS B(b), C(c), D(d), REMARK 999 H(h), I(i), K(k), M(m), O(o), U(u), Y(y), X(x), Z(z) ARE BASED ON BOTH ELECTRON DENSITY MAP AND THE SEQUENCES FROM THE CLOSELY RELATED SOURCE THERMOSYNE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.72 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: oil-microbatch method / pH: 6.1 詳細: Sr-PSII protein was crystallised in 4.5-5.5%PEG1450, 20mM Mes-NaOH, pH 6.1, 20mM NaCl, 3-4mM SrCl2, Oil-Microbatch Method, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.76 Å |
検出器 | タイプ: MAR225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日 |
放射 | モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.76 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 460677 / Num. obs: 437644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 460678 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3ARC 3arc 解像度: 2.1→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.367 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 116.41 Å2 / Biso mean: 37.6797 Å2 / Biso min: 16.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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