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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ikb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of SNX11 PX domain | ||||||
![]() | (Sorting nexin- ...) x 2 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / SNX11 / PX domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() phosphatidylinositol phosphate binding / vesicle organization / intracellular protein transport / endosome / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, J. / Xu, T. / Liu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Sorting Nexin 11 (SNX11) Reveals a Novel Extended PX Domain (PXe Domain) Critical for the Inhibition of Sorting Nexin 10 (SNX10) Induced Vacuolation 著者: Xu, J. / Xu, T. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Sorting nexin- ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 17156.113 Da / 分子数: 1 / 断片: PX domain, UNP residues 7-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17112.248 Da / 分子数: 1 / 断片: PX domain, UNP residues 7-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 265分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PE5.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-PE5 / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.55 % / Mosaicity: 0.22 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% PEG 8000, vapor diffusion, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.776→72.069 Å / Num. all: 27836 / Num. obs: 27836 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 17.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.04 Å2 / Biso mean: 19.4674 Å2 / Biso min: 6.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→34.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
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