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- PDB-4ijx: Crystal structure of human Ap4A hydrolase E58A mutant complexed w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijx
タイトルCrystal structure of human Ap4A hydrolase E58A mutant complexed with DPO
要素Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
キーワードHYDROLASE / NUDIX FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) activity / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ATP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / apoptotic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ge, H. / Chen, X.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of wild-type and mutant human Ap4A hydrolase.
著者: Ge, H. / Chen, X. / Yang, W. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2012年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2097
ポリマ－35,7292
非ポリマー4805
水2,180121
1
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1554
ポリマ－17,8641
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0543
ポリマ－17,8641
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子

B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2097
ポリマ－35,7292
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_455y-1,x,-z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.369, 72.369, 133.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical] / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate asymmetrical hydrolase / Ap4A hydrolase / Ap4Aase / ...Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate asymmetrical hydrolase / Ap4A hydrolase / Ap4Aase / Diadenosine tetraphosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 2 / Nudix motif 2


分子量: 17864.350 Da / 分子数: 2 / 変異: E58A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT2, APAH1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P50583, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical)

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Tris, 2.0M Ammonium phosphate monobasic, 5mM magnesium chloride, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器日付: 2012年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 21348 / Num. obs: 20214
反射 シェル解像度: 2.103→2.157 Å / Num. unique all: 1277 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3u53

3u53


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 8.654 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23205 1098 5.2 %RANDOM
Rwork0.18862 ---
obs0.19079 20214 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.373 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å2-0 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2334 0 26 121 2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192472
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6421.963357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2265303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60924.32125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.11715435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6441516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 82 -
Rwork0.206 1277 -
obs--98.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46010.5286-0.3650.6212-0.40060.3229-0.12410.0731-0.1099-0.14850.0754-0.14430.0323-0.04750.04870.102-0.03410.05130.0264-0.02780.0592-8.063823.26014.4822
20.63540.42520.06930.99640.10440.40870.0601-0.12280.00220.1012-0.01160.0736-0.0898-0.1095-0.04850.04310.00850.02890.0819-00.0315-12.786334.420116.1955
30.14020.3366-0.19211.0972-0.20180.87720.0633-0.0252-0.01310.0115-0.07890.0012-0.1367-0.00390.01560.0653-0.0018-0.00720.0185-0.00880.0311-8.348136.22249.1461
41.15050.0809-0.61260.6816-0.28841.0815-0.0020.09680.02-0.08620.01160.01330.0701-0.1339-0.00960.0223-0.01890.01030.038-0.01610.0152-11.367629.34244.0932
51.13010.30470.90021.9032-0.35410.9261-0.127-0.1615-0.0597-0.04990.0532-0.2238-0.1339-0.14430.07380.0597-0.01030.00290.05470.00030.06859.18446.3498-5.2131
61.53950.28880.24761.65980.26460.12470.09530.13770.2228-0.2012-0.11210.0173-0.0588-0.00170.01680.08620.01890.0190.0370.03060.03890.190251.9631-11.7856
71.36070.1027-0.24310.80420.07730.5347-0.09160.1286-0.0111-0.05840.0425-0.0134-0.0619-0.05470.04910.0472-0.0155-0.00350.0215-0.00440.00673.19349.6753-9.8684
81.76180.32430.44951.3779-0.7940.70160.0128-0.1479-0.07170.1898-0.00390.0333-0.1421-0.0272-0.00890.064-0.02590.00470.03380.00050.03224.336346.48322.9432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4A103 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 23
6X-RAY DIFFRACTION6B24 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7B61 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8B118 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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