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- PDB-4ijj: Structure of transcription factor DksA2 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ijj
タイトルStructure of transcription factor DksA2 from Pseudomonas aeruginosa
要素Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
キーワードHYDROLASE / DksA fold / transcription factor / RNA polymerase / disulfide bond
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene expression / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DksA, coiled-coil domain / RNA polymerase-binding transcription factor DksA / : / DnaK suppressor protein DksA, N-terminal domain / DksA, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, DksA/TraR C4-type / Prokaryotic dksA/traR C4-type zinc finger / Prokaryotic dksA C4-type zinc finger profiles. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-binding transcription factor DksA / RNA polymerase-binding transcription factor DksA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Biswas, T. / Furman, R. / Artsimovitch, I. / Tsodikov, O.V.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: DksA2, a zinc-independent structural analog of the transcription factor DksA.
著者: Furman, R. / Biswas, T. / Danhart, E.M. / Foster, M.P. / Tsodikov, O.V. / Artsimovitch, I.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
B: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
C: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9916
ポリマ－48,7033
非ポリマー2883
水37821
1
A: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3302
ポリマ－16,2341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3302
ポリマ－16,2341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3302
ポリマ－16,2341
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.453, 169.453, 92.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family


分子量: 16234.214 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_73020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02DH2, UniProt: A0A0H2ZJP8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes pH 7.5, 100 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. all: 12184 / Num. obs: 12111 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 57.623 / SU ML: 0.457 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30953 611 4.8 %RANDOM
Rwork0.25655 ---
obs0.25922 12111 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.567 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.07 Å22.53 Å20 Å2
2--5.07 Å20 Å2
3----7.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3177 0 15 21 3213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213229
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.081.9924333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4965385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78623.542192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.18315623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4171550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2761.51984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5223044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.68731372
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.214.51289
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 38 -
Rwork0.33 838 -
obs--95.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.51632.96210.07785.99530.24582.02320.00110.30380.09850.58010.25890.79920.1823-0.9083-0.2599-0.1662-0.04270.1583-0.26760.0531-0.296364.5239-7.9035-18.7645
24.827-0.7296-2.38672.65021.66726.26070.2303-0.2248-0.30810.5663-0.16330.29890.1686-0.1407-0.067-0.072-0.0669-0.0503-0.59680.101-0.34376.8013-24.1913-23.3609
32.0075-0.76950.65236.7904-3.56855.901-0.16710.3355-0.1601-0.0684-0.00850.72690.238-0.76060.1756-0.3268-0.33110.0929-0.1502-0.0113-0.11558.798-21.4078-34.1032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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