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Yorodumi- PDB-4ijj: Structure of transcription factor DksA2 from Pseudomonas aeruginosa -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ijj | ||||||
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Title | Structure of transcription factor DksA2 from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components | Putative C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family | ||||||
Keywords | HYDROLASE / DksA fold / transcription factor / RNA polymerase / disulfide bond | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.25 Å | ||||||
Authors | Biswas, T. / Furman, R. / Artsimovitch, I. / Tsodikov, O.V. | ||||||
Citation | Journal: Febs Lett. / Year: 2013 Title: DksA2, a zinc-independent structural analog of the transcription factor DksA. Authors: Furman, R. / Biswas, T. / Danhart, E.M. / Foster, M.P. / Tsodikov, O.V. / Artsimovitch, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ijj.cif.gz | 166.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ijj.ent.gz | 142.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ijj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ijj_validation.pdf.gz | 459 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ijj_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | Display | |
Data in XML | 4ijj_validation.xml.gz | 16.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ijj_validation.cif.gz | 21 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/4ijj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/4ijj | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16234.214 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: UCBPP-PA14 / Gene: PA14_73020 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q02DH2, UniProt: A0A0H2ZJP8*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.93 Å3/Da / Density % sol: 68.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 100 mM Hepes pH 7.5, 100 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 25, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.25→50 Å / Num. all: 12184 / Num. obs: 12111 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 57.623 / SU ML: 0.457 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.528 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 94.567 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.25→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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