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- PDB-4ii4: The Phenylacetyl-CoA monooxygenase - mutant PaaA E49Q K68Q - PaaC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ii4
タイトルThe Phenylacetyl-CoA monooxygenase - mutant PaaA E49Q K68Q - PaaC wild type subcomplex with benzoyl-CoA
要素
  • 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A
  • 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
キーワードOXIDOREDUCTASE / protein-protein complex / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / ferritin-like fold / bacterial multicomponent monooxygenase PaaABCE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylacetyl-CoA 1,2-epoxidase / phenylacetyl-CoA 1,2-epoxidase complex / phenylacetyl-CoA 1,2-epoxidase activity / phenylacetate catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A/C / Phenylacetic acid catabolic protein / : / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
benzoyl coenzyme A / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A / 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / isomorphous replacement with 3PW1 / 解像度: 2.799 Å
データ登録者Cygler, M. / Grishin, A.M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Spatial Organization of Subunits within the Phenylacetyl-CoA Monooxygenase Complex
著者: Grishin, A.M. / Ajamian, E. / Tao, L. / Bostina, M. / Zhang, L. / Trempe, J. / Menard, R. / Rouiller, I. / Cygler, M.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A
B: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
C: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8774
ポリマ－94,0063
非ポリマー8721
水45025
1
A: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A
C: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
ヘテロ分子

A: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A
C: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5366
ポリマ－129,7924
非ポリマー1,7432
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area42550 Å2
手法PISA
2
B: 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1101
ポリマ－29,1101
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.595, 77.595, 304.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit A / 1 / 2-phenylacetyl-CoA epoxidase / catalytic subunit alpha / 1 / 2-phenylacetyl-CoA monooxygenase / subunit A


分子量: 35786.500 Da / 分子数: 1 / 変異: E49Q, K68Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: paaA gene contains mutations that lead to aminoacid changes E49Q, K68Q
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: b1388, JW1383, paaA, ydbO / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76077, phenylacetyl-CoA 1,2-epoxidase
#2: タンパク質 1,2-phenylacetyl-CoA epoxidase, subunit C / 1 / 2-phenylacetyl-CoA epoxidase / structural subunit beta / 1 / 2-phenylacetyl-CoA monooxygenase / subunit C


分子量: 29109.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: b1390, JW1385, paaC, ydbP / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76079, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: P76079, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: 化合物 ChemComp-BYC / benzoyl coenzyme A


分子量: 871.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N7O17P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25% ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射モノクロメーター: dcm WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 24054 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 1.709 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.8-2.8514.111581.2281100
2.85-2.914.311771.281100
2.9-2.9614.511701.2911100
2.96-3.0214.411631.2821100
3.02-3.0814.411921.2581100
3.08-3.1514.511661.2621100
3.15-3.2314.412071.2491100
3.23-3.3214.511511.30511000.833
3.32-3.4214.411821.30811000.632
3.42-3.5314.412071.37711000.473
3.53-3.6514.411791.44111000.378
3.65-3.814.311861.50411000.311
3.8-3.9714.211881.64611000.232
3.97-4.1814.112041.8911000.175
4.18-4.4414.112182.11211000.149
4.44-4.7913.912072.4111000.125
4.79-5.2713.612302.598199.80.118
5.27-6.0313.412452.78111000.124
6.03-7.5913.312662.608199.80.074
7.59-5010.813582.528196.90.043

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
DENZOデータ削減
PHENIX1.8_1069精密化
精密化構造決定の手法: isomorphous replacement with 3PW1
開始モデル: 3PW1

3pw1


解像度: 2.799→26.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 1218 5.11 %
Rwork0.2184 --
obs0.2213 23832 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 221.41 Å2 / Biso mean: 119.142 Å2 / Biso min: 46.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.799→26.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6195 0 46 25 6266
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53480.7715-0.7342.9138-0.82964.6259-0.25910.91820.4844-0.5992-0.1043-0.3993-1.13780.50140.29640.938-0.2051-0.04171.02060.23360.6922-34.304645.3068-29.8526
23.346-2.4294-0.70517.04341.77062.8807-0.18230.4505-0.92160.3673-0.38611.72690.3953-0.77490.56990.6569-0.09740.19641.4833-0.16691.1164-34.16513.2703-41.4499
34.4471-0.25660.00482.32160.13354.7938-0.164-0.1084-0.10720.2503-0.1819-0.88160.2841.82760.34560.59530.0299-0.05081.15040.24150.7571-20.656328.5541-1.4769
40.24090.29730.15330.85760.64040.5128-0.22560.78760.1762-1.1730.0939-0.2579-0.47790.17580.13141.3531-0.30270.35072.01070.55971.2736-34.945753.2719-34.2332
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:302 )A-1 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:239 )B1 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:248 )C1 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 401:401 )A401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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