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- PDB-4ihs: Crystal Structure of BenM_DBD/catB site 1 DNA Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihs
タイトルCrystal Structure of BenM_DBD/catB site 1 DNA Complex
要素
  • HTH-type transcriptional regulator BenM
  • catB site 1 DNA
  • catB site 1 DNA - complement
キーワードTranscription/DNA / wHTH / HTH / Transcriptional regulator / catB promoter / Transcription-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator BenM
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Alanazi, A. / Momany, C. / Neidle, E.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The DNA-binding domain of BenM reveals the structural basis for the recognition of a T-N11-A sequence motif by LysR-type transcriptional regulators.
著者: Alanazi, A.M. / Neidle, E.L. / Momany, C.
#1: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 2009
タイトル: Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
著者: Craven, S.H. / Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Hall, R.A. / Momany, C. / Neidle, E.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Distinct effector-binding sites enable synergistic transcriptional activation by BenM, a LysR-type regulator
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.r
著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Neidle, E.L. / Momany, C.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator BenM
B: HTH-type transcriptional regulator BenM
C: HTH-type transcriptional regulator BenM
D: HTH-type transcriptional regulator BenM
E: catB site 1 DNA
F: catB site 1 DNA - complement
G: catB site 1 DNA
H: catB site 1 DNA - complement
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,67711
ポリマ－74,4508
非ポリマー2273
水36020
1
A: HTH-type transcriptional regulator BenM
B: HTH-type transcriptional regulator BenM
E: catB site 1 DNA
F: catB site 1 DNA - complement
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3275
ポリマ－37,2254
非ポリマー1021
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: HTH-type transcriptional regulator BenM
D: HTH-type transcriptional regulator BenM
G: catB site 1 DNA
H: catB site 1 DNA - complement
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3506
ポリマ－37,2254
非ポリマー1252
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20370 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area27660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.493, 156.493, 141.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23G
14F
24H
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator BenM / Ben and cat operon transcriptional regulator / Transcriptional Regulator BenM DNA Binding Domain


分子量: 10937.559 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 遺伝子: ACIAD1435, benM, benR / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O68014

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EGFH

#2: DNA鎖 catB site 1 DNA


分子量: 7636.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA purchased from IDT
#3: DNA鎖 catB site 1 DNA - complement


分子量: 7713.048 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA purchased from IDT

-
非ポリマー , 3種, 23分子

#4: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.86 %
結晶化温度: 288 K / 手法: microbatch under oil / pH: 6
詳細: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: sodium malonate Crystal Screen C4- 2.4 M sodium malonate pH 6.0. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% ...詳細: Equal volumes of precipitant, protein solution and DNA. Precipitant: sodium malonate Crystal Screen C4- 2.4 M sodium malonate pH 6.0. Protein: 20 mM Tris base (pH 8.0), 0.5 M NaCl, 10% glycerol, 150 mM imidazole, 10 mM BME, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→200 Å / Num. obs: 30569 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 99.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 3.317 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.2130.39923503.964172.5
3.21-3.344.10.32227143.544184.2
3.34-3.495.90.40130213.705193
3.49-3.6880.34631203.311196.1
3.68-3.919.50.25831583.495197.2
3.91-4.2110.30.21731993.84197.7
4.21-4.6310.30.14532232.846197.5
4.63-5.310.20.11632032.846197
5.3-6.68100.132272.967196.5
6.68-2008.70.05433543.595194.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3M1E

3m1e


解像度: 3.1→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.199 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 24.668 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2029 1523 5 %RANDOM
Rwork0.1782 ---
obs0.1794 30320 91.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 268.45 Å2 / Biso mean: 108.1734 Å2 / Biso min: 55.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----1.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2922 2038 15 20 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0165275
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9941.667927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8433.0019510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3365357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2823.586145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22115557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.371524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021024
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1452MEDIUM POSITIONAL0.460.5
1A1452MEDIUM THERMAL7.742
2B1453MEDIUM POSITIONAL0.50.5
2B1453MEDIUM THERMAL12.582
3E795MEDIUM POSITIONAL0.430.5
3E795MEDIUM THERMAL11.842
4F798MEDIUM POSITIONAL0.410.5
4F798MEDIUM THERMAL8.32
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1-3.1650.294680.251481229867.406
3.165-3.2520.2561020.2151607218578.215
3.252-3.3460.2631140.2291662210384.451
3.346-3.4490.254800.2281802205291.715
3.449-3.5620.241940.2061753195994.283
3.562-3.6870.239930.1961695188494.904
3.687-3.8260.181700.1891686183795.591
3.826-3.9820.25850.1811620176296.765
3.982-4.1590.223780.1661532167396.234
4.159-4.3610.197820.1411465158897.418
4.361-4.5970.143750.1321401152996.534
4.597-4.8750.161770.1491290141796.471
4.875-5.2110.177640.1751236134596.654
5.211-5.6280.209570.191139124196.374
5.628-6.1630.283490.2221045114395.713
6.163-6.8880.206500.182929101896.169
6.888-7.9490.175380.13581690194.784
7.949-9.7220.149470.14165874694.504
9.722-13.6970.155160.16250355992.844
13.697-110.6570.29160.27624430382.508
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.24330.13170.03685.1009-0.53812.8932-0.02270.0609-0.0446-0.27980.16020.3186-0.1535-0.1861-0.13750.1406-0.0065-0.0290.4420.04680.1062-13.9433-9.5411-54.4561
23.39644.5217-6.89810.7435-10.847416.4982-0.4673-0.335-0.7895-0.0247-0.5921-1.40990.37590.05161.05940.38960.01820.03120.81510.20360.6637-5.6288-21.7672-43.2598
30.65160.6713-0.78068.47442.304713.00930.1849-0.30240.19181.0544-0.27470.1025-0.8466-0.14380.08980.6835-0.1595-0.03950.92150.08610.2705-6.1152-8.5663-27.785
42.98258.66550.722640.75397.06191.9009-0.4726-0.06890.53041.43240.48611.8930.52160.0636-0.01351.1102-0.02310.19771.32880.15940.6173-14.8359-11.8318-26.5268
56.2105-1.4778-5.597721.09153.74355.366-0.1271-1.3008-0.07383.44390.21460.04920.5360.9957-0.08751.0658-0.1261-0.04971.33930.46740.4381-7.9673-18.5766-19.2051
64.79333.9022-5.09267.5459-8.436613.2058-0.1618-0.5459-0.67790.4976-0.965-1.1894-0.17210.83321.12680.373-0.0501-0.04350.70320.13320.42520.7089-14.8061-39.9771
756.86720.768538.48767.603814.063626.06152.51820.7968-5.30870.6350.7623-2.04831.48350.7226-3.28052.2735-0.29270.50432.7031-0.46211.522810.2951-8.919-57.556
83.1412-2.4496-0.10683.8490.52077.59140.0234-0.0796-0.864-0.0456-0.1168-0.09810.57140.41480.09340.18880.01640.00980.63340.29660.8616-0.5911-35.8095-42.6098
94.4767-2.5137-0.32035.9325-0.09044.3960.41610.0964-0.4614-0.5563-0.3686-0.30010.04490.3106-0.04750.1969-0.06420.03070.49090.08610.3709-6.447-28.3979-49.1183
104.06530.7697-3.62936.6596-2.88334.0726-0.07750.0328-0.7072-0.0977-0.19550.34020.2473-0.10920.2730.3404-0.1746-0.17420.77330.280.8177-25.8273-38.3134-41.3953
116.4778-1.1518-1.02146.4271-0.30022.73510.30560.6023-0.2126-0.3977-0.12720.3680.0407-0.7279-0.17840.1428-0.0707-0.08980.56220.11760.3244-21.9995-31.5318-49.7849
128.64268.491312.769119.623138.552778.86070.5522-0.07691.8004-0.95890.8623-0.0072-2.79911.8222-1.41442.4767-0.44030.00081.70160.17370.7576-9.5546-4.9207-7.4121
131.79050.28670.12813.5783-0.75247.71080.2132-0.37190.11290.18740.26630.5591-0.979-0.8548-0.47950.25430.11470.10540.67220.04650.4721-24.4101-1.5012-44.315
143.61210.25190.52872.9543-1.06725.08970.0352-0.18570.2430.02650.52410.8789-0.4783-0.5852-0.55930.26070.094-0.02650.54950.11560.4556-25.9147-2.3719-53.0607
154.209-0.27611.06220.2076-1.370212.44480.617-0.4792-0.44570.2995-0.02550.196-1.1419-0.5804-0.59151.5318-0.18630.21.1884-0.02730.5339-16.6419-3.9894-14.144
167.06940.1124-0.12981.6901-0.04450.9377-0.2971-1.1534-1.20410.32170.0305-0.03370.3669-0.0830.26660.3035-0.07230.08910.8240.45570.8348-21.9494-45.6653-30.8347
1716.2152-1.3884-3.965511.8041-5.98358.0044-0.7687-0.1526-0.856-0.8457-0.0159-0.94031.13630.60040.78460.490.1944-0.16611.130.2071.167917.9516-44.1026-38.6351
1858.438913.820531.09559.48565.998816.84270.0595-1.5538-0.53380.85830.2258-0.1955-0.1637-0.9366-0.28530.23750.1750.07931.43260.31141.201916.949-39.003-36.9206
199.4101-0.2279-1.00161.49310.1660.9557-0.3478-0.8209-0.85410.31360.01410.01060.4864-0.16590.33370.35-0.05680.06520.85690.47840.9762-20.9645-46.1753-30.657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 28
4X-RAY DIFFRACTION4B29 - 43
5X-RAY DIFFRACTION5B44 - 58
6X-RAY DIFFRACTION6B59 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7B88 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8C1 - 43
9X-RAY DIFFRACTION9C44 - 90
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11D44 - 89
12X-RAY DIFFRACTION12E1 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13E6 - 25
14X-RAY DIFFRACTION14F1 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15F16 - 25
16X-RAY DIFFRACTION16G1 - 19
17X-RAY DIFFRACTION17G20 - 25
18X-RAY DIFFRACTION18H1 - 6
19X-RAY DIFFRACTION19H7 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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