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- PDB-4ihh: Chasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihh
タイトルChasing Acyl Carrier Protein Through a Catalytic Cycle of Lipid A Production
要素
  • Acyl carrier protein
  • UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
キーワードTRANSFERASE/LIPID BINDING PROTEIN / Acyl Carrier Protein / Left Handed Beta Helix / LpxD / acyltransferase / Lipid A / Protein-Protein complex / ACP Recognition Domain / ACP mediated product release / TRANSFERASE-LIPID BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-glucosamine N-acyltransferase activity / UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase / N-acyltransferase activity / lipid A biosynthetic process / response to antibiotic / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat ...UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase LpxD / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, non-repeat region / UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase, LpxD / MurE/MurF, N-terminal domain / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / : / UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.132 Å
データ登録者Masoudi, A. / Raetz, C.R.H. / Pemble, C.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Chasing acyl carrier protein through a catalytic cycle of lipid A production.
著者: Masoudi, A. / Raetz, C.R. / Zhou, P. / Pemble, C.W.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32014年1月29日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
G: Acyl carrier protein
H: Acyl carrier protein
I: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
K: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,32925
ポリマ－274,81212
非ポリマー3,51713
水15,943885
1
A: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
B: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
C: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
G: Acyl carrier protein
H: Acyl carrier protein
L: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,26213
ポリマ－137,4066
非ポリマー1,8567
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24660 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area41800 Å2
手法PISA
2
D: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
E: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
F: UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase
I: Acyl carrier protein
J: Acyl carrier protein
K: Acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,06712
ポリマ－137,4066
非ポリマー1,6616
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24840 Å2
ΔGint-181 kcal/mol
Surface area49060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.470, 93.225, 114.300
Angle α, β, γ (deg.)75.93, 73.81, 58.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
UDP-3-O-(3-hydroxymyristoyl)glucosamine N-acyltransferase / UDP-3-O-(3-OHC14)-GlcN N-acyltransferase / Protein FirA / Rifampicin resistance protein


分子量: 36931.277 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lpxD, firA, omsA, b0179, JW0174 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)/pLysS
参照: UniProt: P21645, UDP-3-O-(3-hydroxyacyl)glucosamine N-acyltransferase
#2: タンパク質
Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8870.685 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 'clone D i14' / 遺伝子: acpP, i14_1248 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: G7RM21
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M lithium sulfate, 20% PEG 4000, vapor diffusion, temperature 288K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.132→50 Å / Num. all: 166640 / Num. obs: 160164 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.466 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.1940.6471331.299185.6
2.19-2.234.20.59473171.113188
2.23-2.274.40.4675231.081190.6
2.27-2.324.50.47477461.111192.9
2.32-2.374.70.37778741.094194.3
2.37-2.424.90.32179541.117195.7
2.42-2.485.10.30780641.089196.9
2.48-2.555.30.28581301.122197.2
2.55-2.625.50.26280911.085197.6
2.62-2.715.70.20881771.116197.7
2.71-2.815.70.1981841.132198
2.81-2.925.80.14181411.192198
2.92-3.055.90.11681521.315198.2
3.05-3.215.90.182651.521198.4
3.21-3.415.90.0981761.761198.6
3.41-3.685.90.07282331.964198.8
3.68-4.055.90.0682421.995199
4.05-4.635.90.05182542.11198.9
4.63-5.835.90.04682312.058199
5.83-505.80.03682772.198199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.132→35.886 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8226 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 8033 5.03 %Random automatically determined by Phenix
Rwork0.1767 ---
obs0.1787 159778 95.05 %-
all-167811 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.66 Å2 / Biso mean: 38.7941 Å2 / Biso min: 3.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.132→35.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17339 0 210 885 18434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03324100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043128
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2836555
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1324-2.15670.30481800.26183249342962
2.1567-2.1820.30882430.25234624486786
2.182-2.20860.28932750.23234636491188
2.2086-2.23660.25822480.22754777502589
2.2366-2.2660.25332490.22494827507692
2.266-2.29710.28142550.21845016527193
2.2971-2.32990.26672440.19724961520594
2.3299-2.36460.2392870.18585063535095
2.3646-2.40160.23232630.18185011527495
2.4016-2.44090.20692900.18645140543096
2.4409-2.4830.25152820.19285204548697
2.483-2.52820.26962400.19175130537097
2.5282-2.57680.23732540.18645228548297
2.5768-2.62940.24172660.18445183544997
2.6294-2.68650.22632740.18815132540697
2.6865-2.7490.25062790.18835203548298
2.749-2.81770.24522860.19165241552798
2.8177-2.89390.25142740.18915211548598
2.8939-2.9790.23492690.19375187545698
2.979-3.07510.23972690.19175273554298
3.0751-3.18490.22042490.18135252550198
3.1849-3.31230.20712840.18555222550698
3.3123-3.4630.21742760.17675282555898
3.463-3.64540.21083060.16815174548099
3.6454-3.87350.21132980.15995280557899
3.8735-4.17220.18452870.14425213550099
4.1722-4.59130.16012800.1345269554999
4.5913-5.25390.16973000.14555202550298
5.2539-6.61260.2142560.17465290554699
6.6126-35.89150.19672700.18055265553599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11960.0132-0.04860.0034-0.01210.1531-0.0747-0.04790.01050.0177-0.035-0.0410.02250.0741-0.05360.0812-0.01520.00460.3271-0.04860.150646.2362-24.737.055
20.2165-0.0010.02230.05230.02940.0292-0.0171-0.18160.070.0496-0.0136-0.0403-0.0059-0.0069-0.0080.07080.0074-0.00120.0577-0.0050.068910.2071-25.68443.7877
30.0362-0.01770.02660.0098-0.01350.01870.0258-0.0175-0.0883-0.0008-0.00050.03760.0345-0.0234-0.00430.34620.0606-0.05110.08390.0060.433816.8798-65.9059-4.8479
40.12540.01140.06350.09070.09980.2296-0.0231-0.03870.1113-0.0033-0.09360.05790.0123-0.1764-0.12510.10140.01040.00170.222-0.01610.1109-12.4141-25.81871.3738
50.096-0.0279-0.05050.05260.06350.0763-0.00510.1442-0.13490.0181-0.0054-0.0220.0263-0.0294-0.01270.0883-0.00290.00780.0701-0.03550.14496.9452-42.8913-14.4892
60.0506-0.01370.01920.0314-0.01530.06960.02930.049-0.0052-0.0640.0255-0.00330.0276-0.00650.04650.13320.00390.00650.3748-0.05410.076810.5575-39.9773-45.1172
70.22220.02330.14480.04120.03170.1716-0.01760.1803-0.0083-0.01840.0418-0.05930.01640.18480.03630.08510.00270.01590.11670.01020.079424.8229-27.0569-14.5854
8-0.0005-0.0006-0.00780.00450.01290.04270.0178-0.0325-0.06340.01230.015-0.02390.0420.02150.0160.38870.0255-0.05430.0990.04270.493515.9434-65.8464-1.062
90.01230.00110.01030.0409-0.01250.02120.0290.06270.0064-0.048-0.01170.09330.0144-0.05610.00020.12730.0178-0.00970.4060.02870.1864-65.0954-38.4623-71.6282
100.0721-0.01540.04640.00350.00070.08410.03280.16080.0515-0.07230.00430.0287-0.00050.02980.08870.13490.01110.03020.06030.03660.0969-29.4437-34.0662-68.9954
110.02570.01090.02510.0288-0.01230.03360.0172-0.0127-0.07080.04280.0149-0.01670.02580.00370.01750.3048-0.01120.02330.00590.06850.2558-32.1123-70.4475-48.8452
120.048-0.0044-0.03590.00930.02030.05630.0201-0.00510.0225-0.02020.0586-0.04730.0030.13530.08730.09450.01950.02870.4211-0.03270.0663-0.398-40.03-75.6014
130.1516-0.0702-0.04930.0359-0.01760.3333-0.0041-0.12180.036-0.01240.0265-0.09870.1350.2229-0.01690.0094-0.09550.0183-0.08080.00050.088-23.1546-38.9203-47.992
140-0.00010.0002-0.00030.00010.0109-0.0003-0.00940.01290.0319-0.00290.009-0.0001-0.0096-0.00240.08170.01110.0110.1834-0.11890.0938-31.8995-24.7416-15.4476
150.00670.0068-0.00130.02330.00010.00150.0319-0.006-0.02440.03210.0177-0.03880.06310.0110.00640.1011-0.0102-0.03770.2408-0.06990.067-25.3293-37.5771-17.6109
160.06330.00250.04470.00290.01210.19310.0239-0.08060.0681-0.01770.00510.05040.0187-0.15040.03780.08910.00520.02440.0287-0.01930.1161-43.3728-31.416-49.2026
17-0.0013-0.0011-0.00420.0020.00550.02850.01220.002-0.02360.00750.0242-0.00470.0425-0.00630.04950.35680.0373-0.00760.0220.00740.307-31.1261-71.437-52.6916
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280.00030.0002-0.00020.00110.0010.0008-0.00140.0077-0.0025-0.0066-0.00790.00420.0062-0.0053-00.8145-0.1543-0.00180.7537-0.04960.8469-54.4284-76.372-64.7264
290.0007-0.0009-0.00020.0009-00.0014-0.00370.0028-0.0106-0.00010.0037-0.0027-0.0012-0.003900.78780.09110.00950.7283-0.03270.7066-16.556-76.689-72.9593
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310.0006-0.0004-0.00070.0012-0.00040.0009-0.00130.00230.0004-0.0057-0.0024-0.0104-0.00030.0047-00.53470.06970.03560.45290.02210.4839-11.3374-66.0573-69.6843
320.00040.00010.00090.0002-00.0016-0.00630.00080.0027-0.0062-0.00170.0072-0.0036-0.0083-00.56430.0958-0.02490.3705-0.04720.492-20.3205-74.8328-63.5908
330.0002-0.00010.00080.00160.00130.0046-0.0023-0.0015-0.003-0.001-0.0013-0.00240.0001-0.0026-00.69970.0483-0.00950.6245-0.00870.6705-17.9107-82.8251-60.1381
340.0006-0-0.00040.0005-0.00040.00230.002-0.00420.00370.00340.0035-0.00690.00030.0018-00.78540.04820.01120.80370.00090.7878-9.7188-73.5213-57.7464
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360.0011-0.0001-0.00020.0005-0.00050.0003-0.0033-0.0027-0.0007-0.00150.0043-0.0026-0.00110.0075-00.80170.0506-0.01260.8688-0.01370.9445.9618-61.3773-0.6833
370.0027-0.00250.00180.0022-0.00150.00070.0073-0.0114-0.0068-0.0018-0.00550.0018-0.00940.023500.5370.1374-0.09610.47010.01670.680238.0992-58.18324.1183
380.0006-0.000900.0010.0002-00.0025-0.0052-0.00050.01080.001-0.0043-0.0030.005300.97050.0788-0.08860.95080.0271.042537.5715-66.784110.5991
390.00020.0003-00.0014-0.00020.0004-0.0067-0.0003-0.00110.0016-0.0075-0.0007-0.0025-0.0035-00.6221-0.0609-0.01260.55270.06540.5784.0744-61.58437.7516
400.0004-0.00030.00010.00270.00050.0001-0.00340.00290.00510.0002-0.00010.0024-0.00220.0009-00.61440.038-0.01970.5988-0.07960.671614.0397-65.2682-19.7852
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 89 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 298 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 337 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 3 through 149 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 150 through 337 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 2 through 89 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 90 through 298 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 299 through 338 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 3 through 89 )D0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 90 through 298 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 299 through 337 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid -1 through 89 )E0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 90 through 339 )E0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 0 through 28 )F0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 29 through 78 )F0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 79 through 298 )F0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 299 through 338 )F0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 0 through 14 )I0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 15 through 24 )I0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'I' and (resid 25 through 35 )I0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'I' and (resid 36 through 49 )I0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 50 through 64 )I0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 65 through 74 )I0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'J' and (resid -1 through 14 )J0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 15 through 21 )J0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 22 through 31 )J0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 32 through 55 )J0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'J' and (resid 56 through 74 )J0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'K' and (resid 3 through 15 )K0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'K' and (resid 16 through 20 )K0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 21 through 37 )K0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'K' and (resid 38 through 49 )K0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'K' and (resid 50 through 55 )K0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'K' and (resid 56 through 64 )K0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'K' and (resid 65 through 75 )K0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 4 through 21 )G0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 22 through 48 )G0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 49 through 73 )G0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'L' and (resid 35 through 44 )L0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 35 through 44 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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