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万見
- PDB-4ih8: Crystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ih8
タイトルCrystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B43 / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.877 Å
データ登録者El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. ...El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TgCDPK1 with inhibitor bound
著者: El Bakkouri, M. / Tempel, W. / Crandall, I. / Massad, T. / Loppnau, P. / Graslund, S. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Kain, K. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7032
ポリマ－57,3331
非ポリマー3701
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.728, 71.826, 65.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative


分子量: 57333.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-B43 / 4-Amino-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl-cyclopentane / 7-cyclopentyl-5-(4-phenoxyphenyl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine / 5-(4-フェノキシフェニル)-7-シクロペンチル-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4-アミン


分子量: 370.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22N4O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 9762 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.9-2.953.20.973199.2
2.95-33.20.706199
3-3.063.20.696198.9
3.06-3.123.20.629198.8
3.12-3.193.20.426198.8
3.19-3.273.20.394198.2
3.27-3.353.20.314199.2
3.35-3.443.20.279198.1
3.44-3.543.20.227198.9
3.54-3.653.20.179197.9
3.65-3.783.20.15198.2
3.78-3.943.20.122198.4
3.94-4.113.20.101198
4.11-4.333.30.084197.6
4.33-4.63.20.074196.3
4.6-4.963.20.069197.8
4.96-5.463.20.062197.5
5.46-6.243.30.058196.6
6.24-7.863.20.042196.1
7.86-503.10.029195

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.877→47.063 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2894 469 4.81 %
Rwork0.2207 --
obs0.2239 9745 97.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 117.758 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.877→47.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3254 0 28 2 3284
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8234570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8441190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8773-3.29360.36911560.27333030X-RAY DIFFRACTION96
3.2936-4.14920.33271510.23633134X-RAY DIFFRACTION98
4.1492-47.06960.24991620.19923112X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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