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- PDB-4igl: Structure of the RHS-repeat containing BC component of the secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4igl
タイトルStructure of the RHS-repeat containing BC component of the secreted ABC toxin complex from Yersinia entomophaga
要素
  • YenB
  • YenC2
キーワードTOXIN / Beta-Propeller / RHS / toxin complex / Toxin transporter/chaperone / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein ...YwqJ-like deaminase / YwqJ-like deaminase / Shell / RHS repeat-associated core / RHS repeat-associated core / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Rhs repeat-associated core / : / Integrin alpha, N-terminal / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Toxin subunit YenB / Toxin subunit YenC2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Busby, J.N. / Panjikar, S. / Landsberg, M.J. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: The BC component of ABC toxins is an RHS-repeat-containing protein encapsulation device
著者: Busby, J.N. / Panjikar, S. / Landsberg, M.J. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YenB
B: YenC2
C: YenB
D: YenC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)488,15318
ポリマ－487,1814
非ポリマー97114
水44,4432467
1
A: YenB
B: YenC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,8927
ポリマ－243,5912
非ポリマー3015
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area85040 Å2
手法PISA
2
C: YenB
D: YenC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,26011
ポリマ－243,5912
非ポリマー6709
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area83930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.719, 147.596, 274.354
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 YenB


分子量: 167205.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloned into MCS1 / 由来: (組換発現) Yersinia (バクテリア) / 株: MH-1 / 遺伝子: yenB / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A880
#2: タンパク質 YenC2


分子量: 76385.539 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminal domain, residues 1-690 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cloned into MCS2 / 由来: (組換発現) Yersinia (バクテリア) / 株: MH-1 / 遺伝子: yenC2 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: B6A882
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.73 % / Mosaicity: 0.22 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 18% PEG 3350, 150mM potassium phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953694 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月2日
放射モノクロメーター: Double Si(111) with sagittaly bent second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953694 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.264→137.177 Å / Num. all: 245045 / Num. obs: 245045 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 37.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rsym value: 0.3 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
2.26-2.33.32.6220.42203667091.52454.7
12.4-49.5512.80.03833.92172716980.01198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation9.85 Å49.55 Å
Translation9.85 Å49.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Autobuilt model of non-isomorphous crystal solved by SeMet MAD

解像度: 2.49→49.549 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8228 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 9501 5.01 %
Rwork0.1999 --
obs0.2025 189671 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.94 Å2 / Biso mean: 48.6889 Å2 / Biso min: 28.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→49.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32974 0 54 2467 35495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533873
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93646190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0595039
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046102
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.31912156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.49-2.51830.32692800.28859966276
2.5183-2.54790.36632970.298659436240
2.5479-2.5790.35773190.287459166235
2.579-2.61160.33423300.275359376267
2.6116-2.6460.33653070.271159596266
2.646-2.68220.32622960.258460056301
2.6822-2.72060.29073140.254959366250
2.7206-2.76120.32433370.268859216258
2.7612-2.80430.323000.255259876287
2.8043-2.85030.3443380.254359316269
2.8503-2.89940.30233080.243759686276
2.8994-2.95210.30333300.239659566286
2.9521-3.00890.29563490.22759076256
3.0089-3.07030.29863290.231559546283
3.0703-3.13710.28982820.21660246306
3.1371-3.210.27653150.217259906305
3.21-3.29030.27833250.213859726297
3.2903-3.37920.25663040.205759796283
3.3792-3.47870.24942970.199860106307
3.4787-3.59090.24932950.191260196314
3.5909-3.71920.23023170.182660396356
3.7192-3.86810.22053270.181959836310
3.8681-4.0440.21063220.178960096331
4.044-4.25710.21993180.170160106328
4.2571-4.52370.20833220.159960506372
4.5237-4.87270.20123350.154560266361
4.8727-5.36250.22253140.16861126426
5.3625-6.13720.22553280.173160956423
6.1372-7.72760.2113330.177961556488
7.7276-49.55850.18483330.166363816714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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