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- PDB-4igf: Crystal structure of Plasmodium falciparum FabI complexed with NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4igf
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum FabI complexed with NAD and inhibitor 3-(4-Chloro-2-hydroxyphenoxy)-7-hydroxy-2H-chromen-2-one
要素Enoyl-acyl carrier reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Reductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NAD(P)H] activity / apicoplast / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CHV / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-acyl carrier reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kostrewa, D. / Perozzo, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Design, Synthesis, and Biological and Crystallographic Evaluation of Novel Inhibitors of Plasmodium falciparum Enoyl-ACP-reductase (PfFabI)
著者: Belluti, F. / Perozzo, R. / Lauciello, L. / Colizzi, F. / Kostrewa, D. / Bisi, A. / Gobbi, S. / Rampa, A. / Bolognesi, M.L. / Recanatini, M. / Brun, R. / Scapozza, L. / Cavalli, A.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-acyl carrier reductase
B: Enoyl-acyl carrier reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,94311
ポリマ－78,5392
非ポリマー2,4059
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.556, 131.556, 82.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Enoyl-acyl carrier reductase


分子量: 39269.262 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 96-432 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PfENR, PFF0730c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: C6KSZ2, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)

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非ポリマー , 5種, 252分子

#2: 化合物 ChemComp-CHV / 3-(4-chloro-2-hydroxyphenoxy)-7-hydroxy-2H-chromen-2-one


分子量: 304.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H9ClO5
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M MES, 2.35M ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Bartels monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→70 Å / Num. all: 32749 / Num. obs: 32749 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.73 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 22.48
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 14.91 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 2389 / Rsym value: 1.09 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NHG

1nhg


解像度: 2.3→69.976 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU ML: 0.25
Isotropic thermal model: TLS groups for protein chains A and B, individual isotropic temperature factors
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.06 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Mask bulk solvent model. Maximum-likelhood based coordinate error 0.25 A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 1661 5.07 %random
Rwork0.1532 ---
all0.1557 32744 --
obs0.1557 32744 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 152.99 Å2 / Biso mean: 30.9842 Å2 / Biso min: 2.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→69.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4460 0 158 243 4861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014751
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3886431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2191814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006845
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3001-2.36780.2641430.205225412684
2.3678-2.44420.32321280.203525582686
2.4442-2.53160.23911440.191925252669
2.5316-2.63290.25321540.176825532707
2.6329-2.75280.23081560.170425352691
2.7528-2.89790.23171220.167125592681
2.8979-3.07950.25541340.164125692703
3.0795-3.31720.18111320.152526002732
3.3172-3.6510.20291370.138625892726
3.651-4.17930.16991400.118926052745
4.1793-5.26520.14351360.118126542790
5.2652-70.00790.19331350.172827952930
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4225-0.22850.14910.5422-0.30190.6471-0.0239-0.0539-0.02770.1096-0.0133-0.07810.01030.0865-0.02950.07760.004-0.02720.06930.00620.080244.134984.804637.8659
20.8773-0.44930.03260.6127-0.00690.1943-0.0636-0.1373-0.08910.08790.07220.12920.0204-0.13630.00860.0618-0.00230.00980.1203-0.00980.071114.4456102.750234.7069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA97 - 424
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB97 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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