[日本語] English
万見
- PDB-4ig8: Structural basis for cytosolic double-stranded RNA surveillance b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ig8
タイトルStructural basis for cytosolic double-stranded RNA surveillance by human OAS1
要素
  • 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
  • RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*C)-3')
キーワードTRANSFERASE/RNA / Nucleotidyl transferase / Innate immune system Double-stranded dsRNA sensor RNA polymerase / Nucleotidyl transferase 2-5A synthetase / RNase L activator / Double-stranded RNA / Cytosol / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / OAS antiviral response / purine nucleotide biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / type II interferon-mediated signaling pathway / response to virus ...2'-5' oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / regulation of ribonuclease activity / cellular response to interferon-alpha / OAS antiviral response / purine nucleotide biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / type II interferon-mediated signaling pathway / response to virus / glucose metabolic process / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / glucose homeostasis / defense response to virus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 2'-5'-oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. ...: / 2'-5'-oligoadenylate synthase / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2 / 2-5-oligoadenylate synthetase, N-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 1. / 2-5-oligoadenylate synthetase, C-terminal conserved site / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2/C-terminal / 2'-5'-oligoadenylate synthases signature 2. / 2'-5'-oligoadenylate synthetase 1, domain 2, C-terminus / 2'-5'-oligoadenylate synthase N-terminal region profile. / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Donovan, J. / Korennykh, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cytosolic double-stranded RNA surveillance by human oligoadenylate synthetase 1.
著者: Donovan, J. / Dufner, M. / Korennykh, A.
履歴
登録2012年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2'-5'-oligoadenylate synthase 1
B: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1426
ポリマ－51,6023
非ポリマー5403
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area20200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.200, 93.200, 98.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 2'-5'-oligoadenylate synthase 1 / (2-5')oligo(A) synthase 1 / 2-5A synthase 1 / E18/E16 / p46/p42 OAS


分子量: 40135.199 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-347 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAS1, OIAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00973, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*UP*UP*UP*GP*AP*CP*CP*UP*UP*UP*AP*UP*GP*C)-3')


分子量: 5664.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*CP*AP*UP*AP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*C)-3')


分子量: 5802.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 53分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 10 mM HEPES (pH 7.4), 350 mM NaCl, and 5 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→67.7 Å / Num. all: 18616 / Num. obs: 18604

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→67.7 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2827 930 5.01 %Random
Rwork0.2285 ---
all0.2311 18604 --
obs0.2311 18574 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→67.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2741 758 32 50 3581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7765158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0142173
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.84240.39751310.35482481X-RAY DIFFRACTION100
2.8424-3.02050.36151300.31192467X-RAY DIFFRACTION100
3.0205-3.25370.34791310.28382476X-RAY DIFFRACTION100
3.2537-3.58110.28451320.23862511X-RAY DIFFRACTION100
3.5811-4.09920.26971320.20312504X-RAY DIFFRACTION100
4.0992-5.16430.2171350.18952550X-RAY DIFFRACTION100
5.1643-67.75220.26551390.20082655X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.657 Å / Origin y: 3.0935 Å / Origin z: 18.812 Å
111213212223313233
T0.5229 Å20.0376 Å2-0.0169 Å2-0.5251 Å20.0352 Å2--0.4814 Å2
L1.71 °20.7769 °2-0.1935 °2-3.6646 °20.5968 °2--4.0818 °2
S0.1554 Å °-0.0735 Å °0.0088 Å °0.051 Å °-0.2072 Å °-0.0809 Å °-0.0229 Å °0.6187 Å °0.0454 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る