PDB-4ify: HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the Knuckles site

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ify

タイトル

HIV-1 reverse transcriptase with bound fragment at the Knuckles site

要素

REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
p51 RT

キーワード

transferase/transferase inhibitor / RNA-DIRECTED DNA POLYMERASE / DNA POLYMERASE / ENDONUCLEASE / HYDROLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...
類似検索 - 分子機能

HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Bauman, J.D. / Patel, D. / Arnold, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Detecting Allosteric Sites of HIV-1 Reverse Transcriptase by X-ray Crystallographic Fragment Screening.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Dharia, C. / Fromer, M.W. / Ahmed, S. / Frenkel, Y. / Vijayan, R.S. / Eck, J.T. / Ho, W.C. / Das, K. / Shatkin, A.J. / Arnold, E.

履歴

登録	2012年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月24日	Group: Database references
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ify.cif.gz	431.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ify.ent.gz	351.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ify.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ify_validation.pdf.gz	769.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ify_full_validation.pdf.gz	787.6 KB	表示
XML形式データ	4ify_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	4ify_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ify ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/4ify	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4iclC 4id5C 4idkC 4ifvC 4ig0C 4ig3C 4kfbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ig3-d 4ifv-d 4i2q-d 6c0o-d 4i2p-d 6x4f-d 5c25-d 5cym-d 6x47-d 4idk-d 6eli-d 6x4c-d 6ul5-d 2hny-d 5vqq-d 4g1q-d 5cyq-d 5vqx-d 4icl-d 2zd1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H

B: p51 RT

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.946, 73.051, 108.755
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.47, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	p51 RT / Gag-Pol polyprotein 分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#1: タンパク質

REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H / EXORIBONUCLEASE H / P66 RT

分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 断片: P66 (unp residues 600-1154) / 変異: K771A, K772A, C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

#2: タンパク質

p51 RT / Gag-Pol polyprotein

分子量: 50096.539 Da / 分子数: 1 / 断片: P51 (unp residues 600-1027) / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus type 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: BH10 / 遺伝子: gag-pol, POL / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)
参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H

-
非ポリマー , 5種, 681分子

#3: 化合物	ChemComp-T27 / 4-{[4-({4-[(E)-2-cyanoethenyl]-2,6-dimethylphenyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}benzonitrile / Rilpivirine / 4-[[4-[[4-(2-シアノエテニル)-2,6-ジメチルフェニル]アミノ]ピリミジン-2-イル]アミノ]ベンゾニト(以下略) 分子量: 366.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₁₈N₆ / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-1FD / 1-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]methanamine / 4-(トリフルオロメトキシ)ベンゼンメタンアミン分子量: 191.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈F₃NO
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 11% PEG 8000, 4% PEG 400, 50 MM IMIDAZOLE, 10 MM SPERMINE, 15 MM MGSO4, 100 MM AMMONIUM SULFATE, AND 5 MM TRIS(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHINE, PH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.917

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 73811 / Num. obs: 73738 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -2 / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	0.629	1	99.8
2.14-2.18	0.529	1	99.7
2.18-2.22	0.505	1	99.8
2.22-2.26	0.456	1	99.8
2.26-2.31	0.418	1	99.8
2.31-2.37	0.352	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Adxv		data processing
PHENIX	(phenix.refine: dev_1233)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1233)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev_1233	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→31.312 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2126	1447	1.98 %	2%
R_work	0.1864	-	-	-
obs	0.1869	72971	99.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.312 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7929	0	106	662	8697

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8246
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	11189
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.69	3108
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.089	1202
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1401

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.175	0.2853	145	0.2389	7076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.175-2.2621	0.2722	151	0.233	7090	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.365	0.2682	146	0.2175	7121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.365-2.4897	0.2438	146	0.2135	7074	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4897-2.6456	0.2562	119	0.1982	7170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6456-2.8497	0.2382	161	0.1975	7163	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8497-3.1363	0.2393	150	0.1944	7126	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1363-3.5895	0.2107	128	0.1783	7185	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5895-4.5202	0.1949	144	0.1589	7209	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5202-31.3152	0.1629	157	0.1761	7310	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2091	-0.4228	-0.974	1.148	0.3549	2.7929	0.052	-0.4426	-0.2616	0.2046	-0.0187	0.182	0.2762	0.1916	-0.0238	0.5115	0.0124	0.0624	0.3163	0.0162	0.2192	46.7205	-15.4259	70.0805
2	0.8174	-0.1851	0.4091	0.9318	2.1474	5.0486	0.0768	-0.1581	-0.2356	0.2433	0.1124	0.2155	0.6769	-0.6283	-0.1689	0.4814	0.0224	0.0107	0.36	0.0457	0.356	39.8396	-17.6718	58.6897
3	0.5197	-0.2064	-0.276	0.339	0.9999	4.4097	-0.0022	-0.2051	-0.1951	0.2448	0.1352	0.0781	0.4662	0.1585	-0.1325	0.3599	0.0332	0.0322	0.2585	0.0294	0.2366	48.1516	-18.6569	61.7097
4	3.0172	-0.1174	2.0372	1.0402	0.3223	2.7903	0.4449	-0.3364	-0.8418	0.2528	0.0567	0.0492	0.5983	-0.0669	-0.4869	0.4317	-0.0161	-0.0811	0.2015	0.0684	0.3756	50.9081	-28.6537	42.6935
5	2.1778	0.5733	0.8577	3.3183	-1.6329	2.879	0.0805	-0.1784	-0.1624	0.2931	0.2962	0.6352	0.0824	-0.6067	-0.3483	0.2388	-0.0034	0.0259	0.2604	0.0209	0.3071	29.4147	-19.4546	24.8424
6	3.2963	-1.7871	1.3661	1.2915	-0.757	0.5925	-0.0469	-0.1887	-0.053	0.0835	0.1165	0.1596	0.0663	-0.1201	-0.0636	0.135	-0.0066	0.038	0.2209	-0.024	0.2103	20.0556	2.5781	7.417
7	4.2125	1.0092	-0.3815	1.2365	-1.1249	1.1291	-0.0122	-0.2071	0.7149	-0.4245	-0.4633	1.0488	-0.7856	-0.9196	0.3054	0.3407	0.1602	-0.1089	0.4743	-0.1429	0.5091	13.2115	17.5192	4.0767
8	4.8765	-1.1264	0.672	4.906	0.4726	4.5391	-0.1021	0.1473	0.3813	0.2661	-0.0093	-0.271	-0.5322	0.4414	0.0403	0.2436	-0.0876	-0.0357	0.166	0.0545	0.1796	56.4055	1.4179	36.4478
9	0.6085	1.8239	-1.6898	7.4007	-6.1538	5.285	0.1915	-0.4055	0.9422	1.685	-0.3366	-0.0421	-2.2754	1.6314	0.1196	0.9397	-0.2956	-0.213	0.7082	0.1091	0.8152	55.9141	25.9792	33.4785
10	1.4291	-0.7396	0.6111	2.4314	-1.3627	1.3613	-0.1631	0.3996	0.7656	0.3524	-0.321	-0.7643	-0.5997	0.8093	0.4384	0.5782	-0.3189	-0.1488	0.5448	0.191	0.6447	64.335	13.5588	31.9501
11	3.8029	-0.852	1.4352	1.9364	-0.3223	1.0204	-0.2388	-0.257	-0.3085	0.497	-0.1254	-0.6172	-0.1094	0.6043	0.3479	0.3738	-0.0994	0.01	0.7967	0.2795	0.5769	51.1546	20.6718	10.8243
12	2.0192	0.4851	2.6252	3.1334	-0.1593	5.2056	-0.1392	-0.0836	0.4044	0.2615	-0.086	-0.0223	-0.4011	-0.0643	0.3016	0.18	-0.0767	0.0895	0.224	-0.0111	0.2028	32.2298	24.9429	8.6194
13	3.3877	-0.6138	0.7416	6.6184	-1.0348	1.8393	0.15	0.0732	0.2795	0.2548	-0.2936	-0.0998	-0.1618	0.1455	0.1371	0.199	-0.0427	0.0229	0.1976	-0.0029	0.1376	43.2082	10.3351	20.2119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 96 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 97 through 155 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 156 through 253 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 254 through 383 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 384 through 527 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 528 through 554 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 5 through 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 84 through 104 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 105 through 211 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 212 through 253 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 254 through 363 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 364 through 428 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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