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万見
- PDB-4ifc: Crystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ifc
タイトルCrystal Structure of ADP-bound Human PRPF4B kinase domain
要素Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hippo signaling / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of protein export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / kinetochore ...positive regulation of hippo signaling / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of protein export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / kinetochore / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Mechin, I. / Haas, K. / Chen, X. / Zhang, Y. / McLean, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Evaluation of Cancer Dependence and Druggability of PRP4 Kinase Using Cellular, Biochemical, and Structural Approaches.
著者: Gao, Q. / Mechin, I. / Kothari, N. / Guo, Z. / Deng, G. / Haas, K. / McManus, J. / Hoffmann, D. / Wang, A. / Wiederschain, D. / Rocnik, J. / Czechtizky, W. / Chen, X. / McLean, L. / Arlt, H. ...著者: Gao, Q. / Mechin, I. / Kothari, N. / Guo, Z. / Deng, G. / Haas, K. / McManus, J. / Hoffmann, D. / Wang, A. / Wiederschain, D. / Rocnik, J. / Czechtizky, W. / Chen, X. / McLean, L. / Arlt, H. / Harper, D. / Liu, F. / Majid, T. / Patel, V. / Lengauer, C. / Garcia-Echeverria, C. / Zhang, B. / Cheng, H. / Dorsch, M. / Huang, S.M.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月18日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Database references
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
B: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0107
ポリマ－83,8672
非ポリマー1,1435
水5,999333
1
A: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4573
ポリマ－41,9331
非ポリマー5232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5534
ポリマ－41,9331
非ポリマー6193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.320, 52.260, 78.980
Angle α, β, γ (deg.)104.470, 104.630, 93.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / PRP4 kinase / PRP4 pre-mRNA-processing factor 4 homolog


分子量: 41933.469 Da / 分子数: 2 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0536, PRP4, PRP4H, PRP4K, PRPF4B / プラスミド: pFastBac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q13523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20-30% PEG 3350 and 0.1M HEPES pH7.0 5 mM ADP final concentration added to cryo-protectant solution for soaking of apo crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→50 Å / Num. obs: 42262 / % possible obs: 97.9 % / Biso Wilson estimate: 39.73 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.15-2.232.20.3954162197.2
2.23-2.322.20.2884261197.5
2.32-2.422.20.2334180197.6
2.42-2.552.20.174231197.8
2.55-2.712.20.1244205198
2.71-2.922.20.094293198.4
2.92-3.212.20.0664228198.3
3.21-3.682.20.0464238198.4
3.68-4.632.20.0364251198.5
4.63-502.10.034213197.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.9.1精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.9.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.13→31.04 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2562 2127 5.03 %RANDOM
Rwork0.2428 ---
obs0.2435 42249 97.07 %-
原子変位パラメータBiso max: 134.03 Å2 / Biso mean: 51.2071 Å2 / Biso min: 23.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.199 Å212.0717 Å2-5.5191 Å2
2---1.6541 Å2-6.3213 Å2
3---5.853 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.355 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→31.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5369 0 69 333 5771
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2005SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes777HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5549HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion704SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6399SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5607HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7572HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.71
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2959 144 5.07 %
Rwork0.2646 2695 -
all0.2662 2839 -
obs--97.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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