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万見
- PDB-4if4: Crystal Structure of the Magnesium and beryllofluoride-activated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4if4
タイトルCrystal Structure of the Magnesium and beryllofluoride-activated VraR from Staphylococcus aureus
要素Response regulator protein VraR
キーワードTRANSCRIPTION / Response regulator / Two-component system / Bacterial signalling / DNA binding / Transcription factor / Transcription regulation / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / response to antibiotic / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / Response regulator protein VraR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Leonard, P.G. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Phosphorylation-dependent conformational changes and domain rearrangements in Staphylococcus aureus VraR activation.
著者: Leonard, P.G. / Golemi-Kotra, D. / Stock, A.M.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32013年6月19日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator protein VraR
B: Response regulator protein VraR
C: Response regulator protein VraR
D: Response regulator protein VraR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,58616
ポリマ－93,8414
非ポリマー74612
水2,864159
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8990 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area39680 Å2
手法PISA
2
A: Response regulator protein VraR
D: Response regulator protein VraR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2938
ポリマ－46,9202
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
3
B: Response regulator protein VraR
C: Response regulator protein VraR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2938
ポリマ－46,9202
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.603, 110.603, 284.292
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Response regulator protein VraR


分子量: 23460.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: SAV1884, vraR / プラスミド: P497 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) T1R / 参照: UniProt: Q7A2Q1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: 100 mM sodium cacodylate, 200 mM LiSO4, 9% (w/v) PEG 8000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月8日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 52999 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.244 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.395.20.7771.925910.96297.7
2.39-2.435.60.7112.326440.92997.8
2.43-2.485.80.6482.826560.94498
2.48-2.535.90.6252.826110.94298
2.53-2.595.90.5123.626640.9698
2.59-2.655.90.4014.626380.96998.2
2.65-2.715.90.3425.326050.98598.2
2.71-2.795.90.2726.926591.00898.3
2.79-2.875.90.2118.926281.01898.5
2.87-2.965.90.17910.926381.06698.5
2.96-3.075.80.14513.626911.1598.8
3.07-3.195.80.11218.426351.21698.7
3.19-3.335.80.0832626681.31898.9
3.33-3.515.80.06832.526471.41999
3.51-3.735.80.05740.826651.58799.1
3.73-4.025.80.04949.426601.70299.2
4.02-4.425.80.04257.826991.8499.4
4.42-5.065.70.03860.726471.78999.4
5.06-6.375.60.03657.126871.55299.4
6.37-405.90.02666.526661.48899

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å35.98 Å
Translation2.5 Å35.98 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.8_1068精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→35.981 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1812 3.67 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.183 49310 91.59 %-
all-52999 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.33 Å2 / Biso mean: 66.7648 Å2 / Biso min: 23.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→35.981 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6556 0 40 159 6755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.039020
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.192552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.43680.33481470.24294019416677
2.4368-2.53430.26261560.22584247440382
2.5343-2.64960.28521750.20874469464485
2.6496-2.78930.2331630.20724614477789
2.7893-2.9640.23691870.21014794498193
2.964-3.19270.26762010.21954946514795
3.1927-3.51370.27541850.20075053523897
3.5137-4.02160.21931880.17565100528898
4.0216-5.06450.19532010.14635132533399
5.0645-35.98550.1942090.1685124533399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8033-0.58330.26252.3136-1.50084.4102-0.1630.096-0.08270.0697-0.1141-0.31560.06610.62910.26610.1945-0.0220.05270.4376-0.04840.343339.892930.6781-49.2278
24.64520.2257-1.15862.8202-1.37573.826-0.0237-0.1601-0.06230.2844-0.02580.3492-0.007-0.07370.05820.23520.00910.0580.3101-0.07670.321726.230330.1508-42.2046
35.21934.2991-0.85353.80560.74939.90370.25850.195-0.45220.45450.1342-0.43310.3667-0.0814-0.39650.44340.1317-0.10570.4750.02640.829714.22655.0977-21.9817
43.56360.03631.25822.35340.7633.7924-0.16040.07110.26650.0284-0.03840.2451-0.4862-0.38460.20150.38540.09710.07020.2244-0.00940.33596.621149.8858-17.3008
53.5219-0.97640.83944.58271.96773.9134-0.06480.2493-0.3558-0.1985-0.0083-0.0690.07750.04720.07610.28840.01910.10190.2376-0.010.330712.97937.8257-24.3028
66.81796.87660.82187.5659-0.06728.4468-0.13840.3827-0.0503-0.21360.53460.65460.1291-0.3085-0.38720.34170.1091-0.06830.49330.05150.8962-2.682414.8705-44.5244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 2:57)A2 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 58:142)A58 - 142
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 143:208)A143 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 2:57)B2 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 58:142)B58 - 142
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 143:208)B143 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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