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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ieg
タイトルStructure and interactions of the RNA-dependent RNA polymerase from bacteriophage phi12 (P1 crystal form)
要素RNA-dependent RNA polymerase P2
キーワードTRANSFERASE / RNA-directed RNA polymerase
機能・相同性Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / metal ion binding / RNA-directed RNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phi12 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ren, Z. / Franklin, M.C. / Ghose, R.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structure of the RNA-directed RNA Polymerase from the cystovirus 12.
著者: Ren, Z. / C Franklin, M. / Ghose, R.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase P2
B: RNA-dependent RNA polymerase P2
C: RNA-dependent RNA polymerase P2
D: RNA-dependent RNA polymerase P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,9398
ポリマ－301,8414
非ポリマー974
水29,8151655
1
A: RNA-dependent RNA polymerase P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4852
ポリマ－75,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-dependent RNA polymerase P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4852
ポリマ－75,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RNA-dependent RNA polymerase P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4852
ポリマ－75,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RNA-dependent RNA polymerase P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4852
ポリマ－75,4601
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.874, 94.470, 96.481
Angle α, β, γ (deg.)75.16, 63.11, 83.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
RNA-dependent RNA polymerase P2


分子量: 75460.359 Da / 分子数: 4 / 変異: M2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi12 (ファージ)
遺伝子: P2 / プラスミド: pPG27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL12(DE3) / 参照: UniProt: Q94M06
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Mg formate 20% PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月3日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 156487 / Num. obs: 144893 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7802 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GZK

4gzk


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 14.902 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27836 7276 5 %RANDOM
Rwork0.2172 ---
all0.22 156991 --
obs0.22025 137611 92.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.467 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20.62 Å2-0.17 Å2
2--0.57 Å2-0.53 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20846 0 4 1655 22505
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02221535
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0215005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.11.94729192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.817336256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64652606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.41823.4821097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.926153599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.03215173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.23043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02124146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024691
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3661.512920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0741.55188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.685220898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11238615
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8184.58274
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 482 -
Rwork0.25 9164 -
obs--83.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6089-0.1850.0910.7628-0.1340.49750.03710.0180.0130.0332-0.03840.08590.059-0.18830.00130.024-0.02790.01730.0856-0.01390.027127.296328.35263.8457
20.35590.05090.00460.4670.03540.81120.0893-0.03650.10660.0105-0.0185-0.0325-0.09180.1496-0.07080.0604-0.02550.05050.0329-0.02110.052669.665963.18679.1204
30.70860.0371-0.12760.6309-0.13580.47580.0620.0319-0.08820.0256-0.01640.0728-0.095-0.1077-0.04560.04560.02070.010.02820.00440.030471.214120.5693-30.1248
40.7327-0.43020.03380.77-0.22860.58670.13920.0408-0.1486-0.0885-0.0930.07550.1030.1695-0.04620.10520.0391-0.05680.0508-0.02040.041137.341780.3668-35.6582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 659
2X-RAY DIFFRACTION2B11 - 659
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 659
4X-RAY DIFFRACTION4D10 - 659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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