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万見
- PDB-4iee: Crystal Structure of the large terminase subunit gp2 of bacterial... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4iee
タイトルCrystal Structure of the large terminase subunit gp2 of bacterial virus Sf6 complexed with ATP-r-S
要素Gene 2 protein
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA packaging / terminase / ATPase / nuclease / ATP-r-S binding / Magnesium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terminase RNAseH like domain / Phage terminase large subunit, N-terminal / Phage terminase large subunit / Bacteriophage terminase, large subunit / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...: / Terminase RNAseH like domain / Phage terminase large subunit, N-terminal / Phage terminase large subunit / Bacteriophage terminase, large subunit / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Gene 2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella phage Sf6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Zhao, H. / Christensen, T. / Kamau, Y. / Tang, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structures of the phage Sf6 large terminase provide new insights into DNA translocation and cleavage.
著者: Zhao, H. / Christensen, T.E. / Kamau, Y.N. / Tang, L.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年5月29日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gene 2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7953
ポリマ－55,2481
非ポリマー5482
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.101, 63.142, 149.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Gene 2 protein


分子量: 55247.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shigella phage Sf6 (ファージ) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q716H3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris, 15% ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→100 Å / Num. all: 44206 / Num. obs: 43101 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 29.92
反射 シェル解像度: 1.89→1.92 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique all: 1987 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 4IDH

4idh


解像度: 1.89→19.748 Å / SU ML: 0.22 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 3.29 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 2088 4.97 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
obs0.1676 42048 95.35 %-
all-43101 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.93 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5331 Å20 Å2-0 Å2
2--0.3161 Å2-0 Å2
3----1.8492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3604 0 32 386 4022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0365078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7321441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004655
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.93370.26741100.22332275X-RAY DIFFRACTION83
1.9337-1.9820.26921270.18782405X-RAY DIFFRACTION87
1.982-2.03550.23171360.16282535X-RAY DIFFRACTION92
2.0355-2.09540.18491310.15172608X-RAY DIFFRACTION95
2.0954-2.16290.2391390.15852641X-RAY DIFFRACTION96
2.1629-2.24010.21141410.1572678X-RAY DIFFRACTION96
2.2401-2.32970.21081400.15812684X-RAY DIFFRACTION97
2.3297-2.43550.21761420.16232711X-RAY DIFFRACTION98
2.4355-2.56370.21261420.1682730X-RAY DIFFRACTION99
2.5637-2.72390.22611470.16652766X-RAY DIFFRACTION99
2.7239-2.93360.19451440.1682745X-RAY DIFFRACTION99
2.9336-3.22770.18721470.16822780X-RAY DIFFRACTION99
3.2277-3.69210.20841460.16272793X-RAY DIFFRACTION99
3.6921-4.64170.18031480.15142804X-RAY DIFFRACTION98
4.6417-19.74960.21421480.17922805X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95620.18250.13851.2197-0.03811.82810.0585-0.0341-0.08510.0899-0.0116-0.0906-0.01470.1669-0.04620.16520.0234-0.02250.1377-0.00120.13829.090443.286225.4727
20.6029-0.2369-0.16761.1957-0.63270.5573-0.0654-0.33-0.12980.1740.16660.1763-0.0663-0.2063-0.10030.16970.0122-0.00190.19850.06940.14418.636635.346545.8648
30.80730.0118-0.10551.09260.00970.93040.0136-0.02040.005-0.007-0.0078-0.00910.0522-0.0075-0.00550.0208-0.0065-0.01890.0433-0.0150.029346.839.076166.7349
44.33340.24751.58761.00720.18355.7697-0.6497-0.0189-0.05810.2298-0.1264-0.00760.19060.08550.46760.454-0.08360.03240.3348-0.03640.286318.673935.239532.673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 4:173)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 174:211)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 212:466)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 502:502)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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