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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ied | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of FUS-1 (OXA-85), a Class D beta-lactamase from Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum | ||||||
![]() | Class D beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / class D beta-lactamase / FUS-1 / OXA-85 / antibiotic / beta-lactamase fold / Beta Lactamase Activity | ||||||
機能・相同性 | Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Class D beta-lactamase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mangani, S. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of FUS-1 (OXA-85), a Class D beta-lactamase from Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum 著者: Mangani, S. / Benvenuti, M. / Docquier, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 440.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 376.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 29770.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: fus1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 1706分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: FUS-1 15mg/mL in 10 mM Tris pH=8.0, 0.1M NaCl, 4.0 M Na/NH4 formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→37.59 Å / Num. all: 146121 / Num. obs: 146121 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 11.448 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique all: 21066 / % possible all: 94 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.78 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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