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- PDB-4idw: Polycrystalline T6 Bovine Insulin: Anisotropic Lattice Evolution ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4idw
タイトルPolycrystalline T6 Bovine Insulin: Anisotropic Lattice Evolution and Novel Structure Refinement Strategy
要素
  • Insulin A chain
  • Insulin B chain
キーワードHORMONE / INSULIN FAMILY / CARBOHYDRATE METABOLISM / HORMONE-GROWTH / T6 Bovine Insulin
機能・相同性
機能・相同性情報


estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite ...estradiol secretion / positive regulation of blood circulation / negative regulation of lactation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / response to butyrate / negative regulation of appetite / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / response to nutrient levels / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法粉末回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Margiolaki, I. / Giannopoulou, A.E. / Wright, J.P. / Knight, L. / Norrman, M. / Schluckebier, G. / Fitch, A. / Von Dreele, R.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: High-resolution powder X-ray data reveal the T6 hexameric form of bovine insulin
著者: Margiolaki, I. / Giannopoulou, A.E. / Wright, J.P. / Knight, L. / Norrman, M. / Schluckebier, G. / Fitch, A.N. / Von Dreele, R.B.
履歴
登録2012年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 250 REFINEMENT. PROGRAM : GSAS AUTHORS : LARSON & VON DREELE DATA USED IN REFINEMENT RESOLUTION RANGE ... REFINEMENT. PROGRAM : GSAS AUTHORS : LARSON & VON DREELE DATA USED IN REFINEMENT RESOLUTION RANGE HIGH (ANGSTROMS) : 2.69 RESOLUTION RANGE LOW (ANGSTROMS) : 18.18 POWDER DIFFRACTION DATA. FIT TO DATA USED IN REFINEMENT NUMBER OF POWDER PATTERNS : 14 PROFILE R VALUES (%) : 7.06 7.85 8.54 7.50 9.13 WEIGHTED PROFILE R VALUES (%) : 9.37 10.00 11.16 9.44 11.37 F**2 R VALUES (%) : 25.05 31.98 18.03 35.26 33.68 NUMBERS OF POWDER PATTERN POINTS : 8999 8999 8999 6750 6750 NUMBERS OF REFLECTIONS : 2138 2118 2138 2138 2118 TOTAL NUMBER OF POWDER POINTS :120575 NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. PROTEIN ATOMS : 800 NUCLEIC ACID ATOMS : NULL HETEROGEN ATOMS : 2 SOLVENT ATOMS : 44 MODEL REFINEMENT. NUMBER OF LEAST-SQUARES PARAMETERS : 1102 NUMBER OF RESTRAINTS : 1542 LEAST-SQUARES MATRIX BAND WIDTH : 50 RMS DEVIATIONS FROM RESTRAINT TARGET VALUES. NUMBER. BOND ANGLES (DEG) : 1.75 306 INTERATOMIC DISTANCES (A) :0.029 220 CHIRAL VOLUMES (A**3) :0.089 98 DISTANCES FROM RESTRAINT PLANES (A) :0.026 102 TORSION PSEUDOPOTENTIAL RESTRAINTS (E) : 3.49 135 TORSION ANGLE RESTRAINTS (E) : 0.84 290 ANTI-BUMPING DISTANCE RESTRAINTS (A) :0.505 286 HYDROGEN BOND DISTANCE RESTRAINTS (A) :0.119 80 EXPERIMENTAL DETAILS EXPERIMENT TYPE : X-RAY POWDER DIFFRACTION DATE OF DATA COLLECTION : 07-NOV-2006 TEMPERATURE (KELVIN) : 295 PH : NULL SAMPLE HOLDER : 1.0MM GLASS CAPILLARY NUMBER OF CRYSTALS USED : POLYCRYSTAL SLURRY SYNCHROTRON (Y/N) : Y RADIATION SOURCE : ESRF BEAMLINE : ID31, ID11 X-RAY GENERATOR MODEL : NULL MONOCHROMATIC OR LAUE (M/L) : M WAVELENGTH OR RANGE (A) : 1.29967(9), 0.53395(20) MONOCHROMATOR : DOUBLE SI(111) ANALYZER : SI(111) DETECTOR TYPE : NINE AVALANCHE PHOTODIODE (APD) DE DETECTOR MANUFACTURER : NULL INTENSITY-INTEGRATION SOFTWARE : NULL DATA SCALING/ INTEGRATION SOFTWARE : ID31SUM, FIT2D SOFTWARE USED: GSAS STARTING MODEL: NULL

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6186
ポリマ－11,4874
非ポリマー1312
水79344
1
A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子

A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子

A: Insulin A chain
B: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4279
ポリマ－17,2316
非ポリマー1963
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
2
C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子

C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子

C: Insulin A chain
D: Insulin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4279
ポリマ－17,2316
非ポリマー1963
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5680 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-501-

ZN

21D-101-

ZN

31B-611-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin A chain


分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#2: タンパク質・ペプチド Insulin B chain


分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01317
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 粉末回折

-
試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: バッチ法 / pH: 6
詳細: polycrystalline samples of T6 hexameric insulin (Zn2[(AB)2]3, the pH was adjusted by mixing different ratios of 0.2M solutions of sodium monobasic monohydrate phosphate and potassium ...詳細: polycrystalline samples of T6 hexameric insulin (Zn2[(AB)2]3, the pH was adjusted by mixing different ratios of 0.2M solutions of sodium monobasic monohydrate phosphate and potassium phosphate., Batch, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 1.29967, 0.53395
検出器
タイプID検出器日付詳細
Frelon4M 2k x 2k CCD camera1CCD2006年11月7日DOUBLE SI(111) monochromator
APD2NINE AVALANCHE PHOTODIODE (APD) DETECTORS (SI BASED)2006年11月7日DOUBLE SI(111)monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.299671
20.533951
反射解像度: 2.7→18.2 Å / Num. all: 2140 / Num. obs: 2140 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
ID31sumデータ収集
MOLREP位相決定
GSAS精密化
FIT2Dデータ削減
ID31sumデータスケーリング

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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