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- PDB-4id4: Crystal structure of chimeric beta-lactamase cTEM-17m -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4id4
タイトルCrystal structure of chimeric beta-lactamase cTEM-17m
要素Beta-lactamase TEM, Beta-lactamase PSE-4
キーワードHYDROLASE / Beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase PSE-4 / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Park, J. / Gobeil, S. / Pelletier, J.N. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Maintenance of Native-like Protein Dynamics May Not Be Required for Engineering Functional Proteins.
著者: Gobeil, S.M. / Clouthier, C.M. / Park, J. / Gagne, D. / Berghuis, A.M. / Doucet, N. / Pelletier, J.N.
履歴
登録2012年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM, Beta-lactamase PSE-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0787
ポリマ－28,8761
非ポリマー2026
水7,422412
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.730, 58.720, 109.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase TEM, Beta-lactamase PSE-4 / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 / Beta-lactamase CARB-1 / Carbenicillinase 1


分子量: 28875.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6, carB1, pse4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, UniProt: P16897, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 26% PEG 4000, 0.25M magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月25日
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. all: 111024 / Num. obs: 106390 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 27.27
反射 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 7512 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZG4

1zg4


解像度: 1.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.649 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.138 5320 5 %RANDOM
Rwork0.11456 ---
all0.11573 101069 --
obs0.11573 101069 95.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.933 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å2-0 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 6 412 2420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0192316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0861.983171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0253.0015119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.155317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62923.495103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0115413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0781525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.16934533
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.703556
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.73654852
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 375 -
Rwork0.158 7118 -
obs-7118 92.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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