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- PDB-4ick: Crystal structure of human AP4A hydrolase E58A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ick
タイトルCrystal structure of human AP4A hydrolase E58A mutant
要素Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
キーワードHYDROLASE / Nudix fold
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) activity / AMP biosynthetic process / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / ATP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / apoptotic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase / : / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ge, H. / Chen, X.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of wild-type and mutant human Ap4A hydrolase.
著者: Ge, H. / Chen, X. / Yang, W. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2012年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9405
ポリマ－35,7292
非ポリマー2113
水3,333185
1
A: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9562
ポリマ－17,8641
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9843
ポリマ－17,8641
非ポリマー1192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.190, 72.190, 133.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase [asymmetrical] / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate asymmetrical hydrolase / Ap4A hydrolase / Ap4Aase / ...Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P4-tetraphosphate asymmetrical hydrolase / Ap4A hydrolase / Ap4Aase / Diadenosine tetraphosphatase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 2 / Nudix motif 2


分子量: 17864.350 Da / 分子数: 2 / 変異: E58A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT2, APAH1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P50583, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.47 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M Tris (pH 8.4), 2.0M Ammonium phosphate monobasic, 5mM magnesium chloride, temperature 285K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.00584 Å
検出器日付: 2012年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00584 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 21385 / Num. obs: 20197 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / % possible all: 99.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U53

3u53


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.649 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23464 1094 5.1 %RANDOM
Rwork0.18645 ---
obs0.1889 20197 99.77 %-
all-21385 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å2-0 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2338 0 12 185 2535
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.9583279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8245295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.02324.38121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75315431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3851515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211838
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 69 -
Rwork0.212 1291 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1879-0.0318-1.18663.2030.54791.307-0.27370.1392-0.2076-0.29140.1332-0.26540.1231-0.11380.14050.2371-0.05840.07010.0903-0.03870.1331-8.225423.21034.394
21.21341.1250.48481.34810.40291.10510.0593-0.16540.0470.1396-0.0780.0979-0.2078-0.23060.01870.12950.01040.00550.1291-0.03410.0861-12.819434.155516.2291
30.23420.408-0.37821.0502-0.28381.31550.099-0-0.00930.0638-0.0774-0.0074-0.1702-0.0353-0.02160.1120.02150.01370.1058-0.00970.0965-8.507636.03329.0659
41.72240.234-0.94151.344-0.24291.5328-0.00630.15480.0299-0.1306-0.01050.02210.0846-0.17030.01680.0599-0.0205-0.00050.0896-0.0280.0728-11.518629.12684.1992
56.91330.52871.58883.0550.44640.4538-0.054-0.4908-0.0467-0.06870.0108-0.2455-0.0511-0.17490.04320.11310.01620.0210.1506-0.04820.13038.964146.3375-5.5534
62.35590.41690.17293.21460.29780.0480.15640.21520.2201-0.3919-0.160.0209-0.0573-0.01890.00360.18380.05420.0130.11910.03090.0550.120351.5406-11.9176
72.02380.0011-0.52071.2062-0.12130.8021-0.08920.2084-0.0408-0.09260.0518-0.0316-0.0978-0.08970.03740.1172-0.01470.0140.0645-0.00690.05663.018949.4332-9.91
82.51710.39450.18581.6346-0.90450.71740.0646-0.1989-0.15060.2265-0.04850.1114-0.20830.0738-0.01610.1564-0.04670.00320.1024-0.00440.10284.120746.3282.9117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3A70 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4A103 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5B3 - 23
6X-RAY DIFFRACTION6B24 - 60
7X-RAY DIFFRACTION7B61 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8B118 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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