PDB-4ibj: Ebola virus VP35 bound to small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ibj

タイトル

Ebola virus VP35 bound to small molecule

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / interferon inhibitor domain / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Brown, C.S. / Leung, D.W. / Xu, W. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, A.J. / Peterson, D.S. / Binning, J.M. / Amarasinghe, G.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: In Silico Derived Small Molecules Bind the Filovirus VP35 Protein and Inhibit Its Polymerase Cofactor Activity.
著者: Brown, C.S. / Lee, M.S. / Leung, D.W. / Wang, T. / Xu, W. / Luthra, P. / Anantpadma, M. / Shabman, R.S. / Melito, L.M. / Macmillan, K.S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, ...

履歴

登録	2012年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4ibj.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4ibj_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4ibj_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4ibj_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ibbC 4ibcC 4ibdC 4ibeC 4ibfC 4ibgC 4ibiC 4ibkC 4ibh PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ibk-1 4ibe-2 2xqx-1 4ibc-2 4ibd-1 4ibf-1 4ibb-1 4ibk-2 4ibe-1 3lgl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

29.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.257, 66.346, 72.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14210.523 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 215-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物	ChemComp-1D9 / 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid 分子量: 535.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₁₅F₆NO₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793378 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793378 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 36721 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.54-1.57	5.1	0.652	1	83.1
1.57-1.6	5.6	0.623	1	88.9
1.6-1.63	5.8	0.549	1	93.8
1.63-1.66	5.9	0.536	1	97.6
1.66-1.69	6.2	0.489	1	99.1
1.69-1.73	6.4	0.433	1	99.9
1.73-1.78	6.6	0.421	1	99.9
1.78-1.83	6.8	0.352	1	100
1.83-1.88	7	0.326	1	100
1.88-1.94	7.1	0.268	1	100
1.94-2.01	7.2	0.212	1	100
2.01-2.09	7.2	0.159	1	99.9
2.09-2.19	7.2	0.127	1	99.9
2.19-2.3	7.2	0.115	1	100
2.3-2.44	7.2	0.09	1	100
2.44-2.63	7.2	0.085	1	100
2.63-2.9	7.2	0.073	1	100
2.9-3.32	7.1	0.065	1	100
3.32-4.18	6.9	0.046	1	100
4.18-50	6.7	0.043	1	98.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→35.417 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.1139 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	3203	10.12 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1872	31662	84.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.4458 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→35.417 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1924	0	76	309	2309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2149
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	2952
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.286	865
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	316
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5395-1.5625	0.2286	61	0.2177	599	X-RAY DIFFRACTION	41
1.5625-1.5869	0.2395	94	0.2047	698	X-RAY DIFFRACTION	50
1.5869-1.6129	0.213	79	0.1948	821	X-RAY DIFFRACTION	56
1.6129-1.6408	0.2647	111	0.1996	825	X-RAY DIFFRACTION	60
1.6408-1.6706	0.2614	96	0.2064	946	X-RAY DIFFRACTION	65
1.6706-1.7027	0.2282	108	0.2062	997	X-RAY DIFFRACTION	69
1.7027-1.7375	0.226	104	0.1989	1086	X-RAY DIFFRACTION	74
1.7375-1.7753	0.2946	132	0.2196	1130	X-RAY DIFFRACTION	78
1.7753-1.8166	0.3124	115	0.1959	1209	X-RAY DIFFRACTION	82
1.8166-1.862	0.2083	149	0.2091	1237	X-RAY DIFFRACTION	86
1.862-1.9123	0.2412	182	0.1955	1270	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9123-1.9686	0.2162	183	0.2057	1372	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9686-2.0321	0.2408	141	0.1946	1445	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0321-2.1047	0.2509	156	0.1826	1442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1047-2.189	0.1856	159	0.1816	1465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.189-2.2886	0.2738	172	0.1749	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2886-2.4092	0.2064	165	0.1682	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4092-2.5601	0.2146	137	0.1739	1485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5601-2.7577	0.2402	161	0.1798	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7577-3.0351	0.2117	178	0.1779	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0351-3.474	0.1999	163	0.1783	1496	X-RAY DIFFRACTION	100
3.474-4.3756	0.1912	165	0.1553	1504	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3756-35.4263	0.2856	192	0.2002	1563	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3523	-0.8173	-0.729	2.0696	-0.6132	2.3457	0.0056	0.0434	-0.4879	-0.0854	0.0491	0.1685	0.1411	-0.1299	-0.0656	0.1273	-0.0044	-0.0076	0.085	-0.0117	0.1278	3.995	24.622	-7.426
2	4.074	0.2939	-1.1451	0.3659	-0.4688	2.5446	0.0668	0.1982	0.2328	-0.0017	0.0605	0.0516	-0.1546	-0.094	-0.1575	0.1359	0.0198	0.0058	0.1056	0.012	0.1525	2.5676	35.7789	-9.4539
3	7.5944	-0.052	0.6454	4.1698	-0.6598	3.2946	-0.0231	-0.4288	-0.6653	0.1159	-0.1609	0.038	0.5921	-0.0842	0.1939	0.2238	0.0037	0.0167	0.1343	0.0064	0.1115	12.392	22.1262	7.1012
4	4.5541	-0.5697	0.9087	1.9639	-0.3427	5.9375	-0.0589	-0.309	0.12	0.0743	0.0782	0.075	-0.0722	-0.096	-0.031	0.1417	0.0145	0.0157	0.1476	-0.0364	0.1176	9.3476	31.7821	9.1397
5	7.5234	-3.1422	1.0881	4.3078	-0.4377	2.2911	0.0146	-0.3841	-0.6903	0.1549	0.0222	-0.1091	0.2201	0.2768	-0.0427	0.1586	0.0085	-0.0265	0.1763	0.0579	0.2016	-1.6482	22.5531	35.6679
6	8.1911	1.2087	0.109	1.6207	0.106	2.3104	-0.0854	-0.0065	-0.6588	-0.0376	0.0551	-0.1568	0.1309	0.0377	0.0292	0.0936	0.0041	0.0076	0.0759	-0.0092	0.1091	-5.1586	26.1483	27.3838
7	3.3644	-2.1591	-3.8384	3.0319	1.3255	5.3032	-0.0093	-0.3654	0.259	0.1212	0.1483	-0.1753	-0.0168	0.044	-0.1295	0.0876	-0.0011	-0.0223	0.1782	-0.0167	0.1048	-0.3484	33.3715	37.9436
8	7.5693	-0.1249	-6.8428	0.5676	-0.6079	8.2535	0.4134	-0.2251	0.571	0.1684	0.0605	-0.1368	-0.5182	0.0605	-0.4339	0.1461	0.0199	-0.0098	0.1288	-0.0348	0.1583	-7.8321	36.9476	33.5373
9	5.0193	0.4051	3.4634	1.2603	0.5317	2.4461	-0.162	0.0362	0.8413	-0.0798	-0.1354	0.0454	-0.478	0.4839	0.1235	0.1433	-0.0485	0.0205	0.174	-0.0603	0.2123	1.1475	37.9186	23.7901
10	8.4762	5.9043	3.0984	4.852	3.9156	5.3003	-0.2782	0.1672	-0.5786	-0.0199	0.2105	-0.0664	0.0397	-0.4117	0.0698	0.1707	0.0175	0.0148	0.2087	-0.036	0.159	-5.4612	21.6022	12.8014
11	7.3169	-4.5509	2.1868	7.1473	1.5005	4.9001	-0.0076	0.2596	-0.626	-0.1511	0.095	0.1283	0.7035	-0.3634	-0.0006	0.1909	-0.072	0.027	0.1339	-0.0273	0.132	-16.802	22.4827	18.5149
12	3.8775	0.3687	2.4853	0.756	1.6631	4.4239	-0.1449	0.3608	0.3322	-0.0819	0.0669	0.0154	-0.3966	0.1169	0.0646	0.1951	0.0114	0.0129	0.1746	0.0527	0.1963	-10.1559	35.8874	13.4561
13	7.0457	0.4469	1.7334	9.5285	5.6241	3.6514	0.0023	0.1621	0.2763	-0.5159	0.0784	-0.1983	-0.2319	0.396	-0.0592	0.1873	-0.0103	0.0414	0.1651	0.0508	0.1532	-7.1185	33.1448	17.8903
14	5.5512	-0.6153	-0.8344	4.2107	2.4238	8.5294	0.077	0.6255	-0.3762	-0.1193	0.0818	-0.0636	0.4257	0.1351	-0.1037	0.1258	-0.0062	0.0054	0.2002	-0.0036	0.1302	-10.7788	27.0741	11.5668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 217 through 252 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 253 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 310 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 311 through 340 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 217 through 231 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 232 through 253 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 254 through 269 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 270 through 283 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 284 through 292 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 293 through 299 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 300 through 310 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 311 through 319 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 320 through 329 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 330 through 340 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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