PDB-4ibf: Ebola virus VP35 bound to small molecule

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ibf

タイトル

Ebola virus VP35 bound to small molecule

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION inhibitor / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / interferon inhibitor domain / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

suppression by virus of host cytokine production / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / suppression by virus of host type I interferon production / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / molecular sequestering activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ebola virus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.291 Å

データ登録者

Brown, C.S. / Leung, D.W. / Xu, W. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, A.J. / Peterson, D.S. / Binning, J.M. / Amarasinghe, G.K. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: In Silico Derived Small Molecules Bind the Filovirus VP35 Protein and Inhibit Its Polymerase Cofactor Activity.
著者: Brown, C.S. / Lee, M.S. / Leung, D.W. / Wang, T. / Xu, W. / Luthra, P. / Anantpadma, M. / Shabman, R.S. / Melito, L.M. / Macmillan, K.S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Ramanan, P. / Stubbs, ...

履歴

登録	2012年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ibf.cif.gz	113.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ibf.ent.gz	88.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ibf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ibf_validation.pdf.gz	992.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ibf_full_validation.pdf.gz	996.1 KB	表示
XML形式データ	4ibf_validation.xml.gz	13.1 KB	表示
CIF形式データ	4ibf_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/4ibf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ibbC 4ibcC 4ibdC 4ibeC 4ibgC 4ibiC 4ibjC 4ibkC 4ibh PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ibc-2 3fke-1 4ibd-1 4ibc-1 4ibe-1 3l29-1 2qca-d 4ahk-2 2xqx-1 4ibj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

29.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.472, 65.951, 72.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14210.523 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 215-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: 化合物	ChemComp-1D5 / (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid 分子量: 538.819 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₃BrClNO₅S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793376 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793376 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 11548 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.29-2.33	7.2	0.503	1	100
2.33-2.37	7.2	0.49	1	100
2.37-2.42	7.2	0.412	1	100
2.42-2.47	7.1	0.408	1	100
2.47-2.52	7.2	0.308	1	100
2.52-2.58	7.1	0.316	1	100
2.58-2.64	7.1	0.301	1	100
2.64-2.72	6.7	0.35	1	100
2.72-2.79	7.2	0.186	1	100
2.79-2.89	7.1	0.192	1	100
2.89-2.99	7.2	0.154	1	100
2.99-3.11	7.1	0.13	1	100
3.11-3.25	7.1	0.112	1	100
3.25-3.42	7	0.108	1	99.8
3.42-3.63	6.6	0.109	1	100
3.63-3.92	6.4	0.103	1	99.7
3.92-4.31	6.7	0.063	1	99.8
4.31-4.93	6.7	0.055	1	99.2
4.93-6.21	6.7	0.051	1	100
6.21-50	6.3	0.046	1	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.291→40.577 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.21 / SU R Cruickshank DPI: 0.5539 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.59 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	502	4.84 %
R_work	0.1804	-	-
obs	0.1843	10368	89.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.9029 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.291→40.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1910	0	62	93	2065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	2753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.041	789
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	299
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2905-2.521	0.2727	89	0.1919	1805	X-RAY DIFFRACTION	67
2.521-2.8857	0.3197	149	0.2122	2510	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8857-3.6353	0.2959	132	0.1802	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6353-40.5831	0.2111	132	0.1671	2833	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9651	0.7393	-3.1545	3.6975	-0.3264	4.2931	-0.2819	1.2959	-0.995	-0.1022	0.3451	-0.2852	0.4005	-0.6624	-0.0662	0.2508	-0.0427	0.0237	0.2659	-0.0941	0.3364	2.4545	22.7862	-12.1335
2	2.1921	-0.039	-0.1889	0.0411	-0.2844	1.8677	0.1112	0.1425	0.0824	0.0826	0.0087	0.0397	-0.3436	-0.1486	-0.072	0.2377	0.0678	0.0197	0.1936	-0.0011	0.2333	3.6873	32.2879	-7.4529
3	2.659	0.6709	-0.1265	0.9746	-0.5576	2.8495	0.1005	-0.1125	-0.1921	0.3044	-0.186	0.0571	0.2981	0.0869	0.0944	0.3293	0.0106	0.0115	0.2404	-0.0217	0.2309	10.6956	27.8476	8.2891
4	6.125	-1.4958	-0.0266	2.2801	0.0403	0.7188	-0.0772	-0.6314	-1.1879	0.0034	0.0238	-0.0978	0.7243	0.665	0.0016	0.2503	0.0695	-0.0004	0.3182	0.0366	0.342	-2.3861	22.469	35.4346
5	6.026	0.5125	-0.7884	1.5811	0.322	2.8949	-0.1988	0.1096	-0.725	0.0075	0.1608	-0.1901	0.3769	0.3508	0.027	0.2012	0.0158	-0.0223	0.2057	0.0197	0.2042	-6.3314	25.6585	27.4594
6	5.2686	-0.1059	-2.8976	0.9796	1.2144	3.4155	0.0776	-0.3584	0.147	0.2944	-0.1994	-0.3634	0.157	0.048	0.0814	0.2015	0.0588	-0.0262	0.3294	0.0153	0.2964	0.0632	33.1964	36.9386
7	2.0175	-0.1397	-1.3841	0.601	0.4189	2.6397	0.4703	-0.2886	0.5983	-0.0104	0.1224	-0.128	-0.6038	0.3686	-0.407	0.2606	0.0557	0.0161	0.2879	-0.0513	0.3332	-4.4251	37.0736	29.4054
8	4.1152	4.3621	1.2314	7.0478	3.2097	2.4138	-0.1016	0.719	-0.291	-0.5646	0.1175	0.1036	0.3718	-0.2743	-0.0635	0.3653	0.0948	-0.0857	0.4787	-0.1306	0.1581	-6.0698	21.1057	13.0428
9	1.4431	-0.5782	1.4268	4.7975	1.7743	2.6136	-0.2155	0.1175	-0.2002	0.0262	0.4243	-0.2011	0.046	-0.4473	-0.2716	0.4397	-0.0411	0.0774	0.3789	-0.0292	0.2951	-17.0157	22.1866	18.466
10	1.7677	-0.2483	1.9696	1.7946	0.8122	2.8668	0.2841	0.3675	0.5664	0.128	0.0872	0.152	-0.6674	-0.0493	-0.3389	0.4084	-0.0021	0.0672	0.2664	0.0423	0.2422	-10.3674	35.5669	13.0913
11	4.1016	0.7068	0.9419	1.9315	0.6089	3.835	-0.0968	-0.3515	0.3369	-0.4004	-0.1272	-0.0328	-0.1837	0.4213	0.0482	0.2238	0.0021	0.0041	0.1441	0.0286	0.3013	-7.3615	32.9332	17.7738
12	2.6617	0.0179	0.6116	1.2827	-0.7153	4.0871	0.3134	0.52	0.124	-0.1868	0.1658	-0.0483	0.5686	-0.0403	-0.2744	0.2442	0.046	0.0284	0.326	-0.0074	0.2705	-11.0569	26.5899	11.5977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 218 through 231 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 232 through 292 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 293 through 340 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 218 through 231 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 232 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 253 through 269 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 270 through 292 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 293 through 299 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 300 through 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 311 through 319 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 320 through 329 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 330 through 340 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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