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万見
- PDB-4ib2: Crystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ib2
タイトルCrystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.76 A resolution
要素Putative Lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / putative methionine-bindning / NLPA lipoprotein / PF03180 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / membrane / Alpha Beta / METHIONINE / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Ruminococcus gnavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative lipoprotein (RUMGNA_00858) from Ruminococcus gnavus ATCC 29149 at 1.76 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Lipoprotein
B: Putative Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24517
ポリマ－55,2592
非ポリマー98615
水6,161342
1
A: Putative Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1058
ポリマ－27,6291
非ポリマー4757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1409
ポリマ－27,6291
非ポリマー5118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.099, 52.454, 54.908
Angle α, β, γ (deg.)99.810, 87.500, 94.960
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Putative Lipoprotein


分子量: 27629.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus gnavus (バクテリア)
株: ATCC 29149 / 遺伝子: ZP_02040096.1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A7AZY4
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 28-278 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.8M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate pH 4.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月9日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→40.876 Å / Num. obs: 41851 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.456 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.76-1.820.5622.415284391493.5
1.82-1.90.3993.317710451095.2
1.9-1.980.2814.715055384195.2
1.98-2.090.1956.717216438995.6
2.09-2.220.143916231413596
2.22-2.390.1041216309418396.3
2.39-2.630.07516.416345417496.8
2.63-3.010.05223.216452421797.1
3.01-3.780.02937.916136416997
3.780.0251.816823431998

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHASER2.3.0位相決定
XSCALEJanuary 30, 2009データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→40.876 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9584 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9502 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS) ...詳細: 1. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 2. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). 4. CHLORIDE (CL) AND GLYCEROL (GOL) FROM THE PURIFICATION AND CRYOPROTECTANT SOLUTION ARE MODELED. 5. ENDOGENOUS METHIONINE (MET) HAS BEEN MODELED AT THE PUTATIVE ACTIVE SITE BASED ON ELECTRON DENSITY AND COMPARISON WITH OTHER SIMILAR PROTEIN STRUCTURES AND IS LIKELY THE NATURAL LIGAND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1844 2110 5.04 %RANDOM
Rwork0.1619 ---
obs0.163 41847 96.12 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.21 Å2 / Biso mean: 30.3081 Å2 / Biso min: 9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7639 Å22.597 Å2-0.3676 Å2
2--2.0682 Å21.852 Å2
3---1.6956 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.233 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→40.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3791 0 51 342 4184
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1897SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes574HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3999HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion540SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5110SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3999HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5449HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.77
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 155 5.16 %
Rwork0.2101 2851 -
all0.2106 3006 -
obs--96.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59840.168-0.02292.6140.19820.67450.00630.02630.0212-0.02770.0372-0.1789-0.07450.0418-0.04350.0217-0.04150.0254-0.0657-0.0199-0.048218.944317.190542.3521
20.56850.0840.03532.2993-0.25750.874-0.01180.0617-0.07860.01540.00770.18890.0751-0.05370.00410.0284-0.03320.0285-0.0709-0.0325-0.0239.3934-6.176942.6588
30.5741-0.78340.89911.6248-1.81035.6845-0.05980.09250.1421-0.0058-0.118-0.1314-0.56060.45680.17770.0706-0.10080-0.1248-0.0088-0.183919.5659-5.355214.0209
40.6226-0.0405-0.42341.3407-0.99382.7094-0.01440.1119-0.0527-0.48440.15890.29570.4915-0.2556-0.14450.19-0.0865-0.0687-0.1776-0.0025-0.18489.64-27.882418.0824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|32 - A|116 A|234 - A|278 }A32 - 116
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|32 - A|116 A|234 - A|278 }A234 - 278
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|117 - A|233 }A117 - 233
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|36 - B|116 B|234 - B|278 }B36 - 116
5X-RAY DIFFRACTION3{ B|36 - B|116 B|234 - B|278 }B234 - 278
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|117 - B|233 }B117 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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