ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.55→47.989 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.892 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.32 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.1985 | 2103 | 4.02 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1747 | - | - | - |
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obs | 0.1757 | 52336 | 95.66 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.558 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 55.96 Å2 / Biso mean: 16.6634 Å2 / Biso min: 3.61 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.6965 Å2 | 0 Å2 | -0.3838 Å2 |
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2- | - | 1.7092 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -0.0127 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.989 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2743 | 0 | 77 | 320 | 3140 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.021 | 3010 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.941 | 4079 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.142 | 444 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.011 | 528 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.481 | 1145 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.55-1.5861 | 0.2566 | 132 | 0.284 | 2962 | 3094 | 86 | 1.5861-1.6257 | 0.3008 | 137 | 0.2595 | 3410 | 3547 | 97 | 1.6257-1.6697 | 0.2706 | 143 | 0.2361 | 3460 | 3603 | 99 | 1.6697-1.7188 | 0.2564 | 144 | 0.2115 | 3453 | 3597 | 99 | 1.7188-1.7743 | 0.2211 | 149 | 0.1933 | 3457 | 3606 | 99 | 1.7743-1.8377 | 0.2076 | 137 | 0.1746 | 3413 | 3550 | 99 | 1.8377-1.9113 | 0.1976 | 146 | 0.1663 | 3436 | 3582 | 98 | 1.9113-1.9983 | 0.1895 | 140 | 0.1615 | 3422 | 3562 | 98 | 1.9983-2.1036 | 0.2052 | 139 | 0.1643 | 3437 | 3576 | 98 | 2.1036-2.2354 | 0.19 | 144 | 0.1617 | 3391 | 3535 | 97 | 2.2354-2.408 | 0.1973 | 144 | 0.1587 | 3360 | 3504 | 96 | 2.408-2.6503 | 0.2138 | 142 | 0.1613 | 3354 | 3496 | 95 | 2.6503-3.0338 | 0.1897 | 138 | 0.171 | 3287 | 3425 | 94 | 3.0338-3.822 | 0.1621 | 137 | 0.1598 | 3227 | 3364 | 92 | 3.822-48.0123 | 0.176 | 131 | 0.1705 | 3164 | 3295 | 88 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.6083 | 0.1718 | 0.149 | 0.3086 | -0.2994 | 0.5063 | 0.1458 | -0.1954 | 0.1888 | 0.123 | 0.0413 | 0.1466 | -0.1512 | -0.0748 | 0.698 | -0.0498 | 0.0639 | 0.0388 | -0.0313 | -0.0557 | -0.0506 | 6.5627 | 14.262 | 10.2181 | 2 | 0.5024 | 0.3412 | 0.1546 | 0.6213 | 0.2863 | 0.6587 | 0.0133 | 0.0385 | -0.0338 | -0.0084 | 0.0467 | -0.0033 | 0.0605 | -0.0156 | -0.0316 | 0.0465 | -0.0019 | -0.0028 | 0.045 | 0.0082 | 0.0535 | 29.9924 | 20.9144 | -9.3926 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:208 | A-10 - 208 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:206 | B-9 - 206 | | |
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