ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.6→48.289 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8844 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.29 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2042 | 1918 | 3.99 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1794 | - | - | - |
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obs | 0.1804 | 48060 | 96.5 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.237 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 56.81 Å2 / Biso mean: 14.667 Å2 / Biso min: 2.31 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.7287 Å2 | 0 Å2 | -0.0993 Å2 |
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2- | - | 1.0666 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.662 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.289 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2768 | 0 | 81 | 285 | 3134 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.013 | 2966 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.396 | 4010 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.085 | 435 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.007 | 516 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.096 | 1107 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.6-1.64 | 0.2431 | 138 | 0.2309 | 3322 | 3460 | 98 | 1.64-1.6844 | 0.2311 | 139 | 0.2185 | 3326 | 3465 | 98 | 1.6844-1.7339 | 0.2465 | 140 | 0.1949 | 3359 | 3499 | 98 | 1.7339-1.7899 | 0.2363 | 141 | 0.1926 | 3313 | 3454 | 98 | 1.7899-1.8539 | 0.196 | 139 | 0.1787 | 3331 | 3470 | 98 | 1.8539-1.9281 | 0.1936 | 138 | 0.1704 | 3329 | 3467 | 97 | 1.9281-2.0159 | 0.2144 | 136 | 0.1726 | 3314 | 3450 | 97 | 2.0159-2.1221 | 0.2089 | 135 | 0.1667 | 3318 | 3453 | 97 | 2.1221-2.2551 | 0.2015 | 139 | 0.1709 | 3295 | 3434 | 97 | 2.2551-2.4292 | 0.1901 | 141 | 0.1722 | 3324 | 3465 | 96 | 2.4292-2.6737 | 0.2169 | 134 | 0.1796 | 3278 | 3412 | 96 | 2.6737-3.0605 | 0.2082 | 132 | 0.1868 | 3254 | 3386 | 95 | 3.0605-3.8556 | 0.184 | 136 | 0.1682 | 3213 | 3349 | 94 | 3.8556-48.3109 | 0.1885 | 130 | 0.176 | 3166 | 3296 | 91 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.5878 | 0.196 | 0.3031 | 0.4448 | -0.2788 | 0.5257 | 0.0909 | -0.2522 | 0.2122 | 0.0562 | 0.0263 | 0.1339 | -0.0644 | -0.0864 | 1.3677 | 0.006 | 0.0427 | 0.0389 | -0.0251 | -0.0384 | 0.0032 | 6.5138 | 13.8648 | 10.1894 | 2 | 0.3633 | 0.0976 | 0.0049 | 0.3574 | 0.0867 | 0.3203 | 0.019 | 0.0375 | -0.0328 | -0.0098 | 0.0324 | 0.0094 | 0.0803 | -0.0068 | 0.1346 | 0.0422 | -0.0045 | -0.0053 | 0.0314 | -0.0012 | 0.033 | 30.3457 | 20.4636 | -9.317 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -11:210 | A-11 - 210 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:206 | B-9 - 206 | | |
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