ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.58→48.555 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8902 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.6 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2017 | 2006 | 3.99 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1747 | - | - | - |
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obs | 0.1758 | 50322 | 97.02 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.489 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 66.42 Å2 / Biso mean: 16.1224 Å2 / Biso min: 3.08 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.4231 Å2 | -0 Å2 | 0.7275 Å2 |
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2- | - | -0.5952 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.8279 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→48.555 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2739 | 0 | 86 | 302 | 3127 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.017 | 2986 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.564 | 4045 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.106 | 445 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 523 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.464 | 1119 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.58-1.6195 | 0.3398 | 132 | 0.2825 | 3058 | 3190 | 86 | 1.6195-1.6633 | 0.2633 | 139 | 0.2513 | 3404 | 3543 | 96 | 1.6633-1.7123 | 0.2992 | 150 | 0.23 | 3512 | 3662 | 99 | 1.7123-1.7675 | 0.2608 | 143 | 0.2042 | 3514 | 3657 | 99 | 1.7675-1.8307 | 0.2066 | 144 | 0.1813 | 3542 | 3686 | 99 | 1.8307-1.904 | 0.2055 | 143 | 0.1658 | 3507 | 3650 | 99 | 1.904-1.9907 | 0.207 | 147 | 0.1626 | 3507 | 3654 | 99 | 1.9907-2.0956 | 0.1845 | 149 | 0.1635 | 3505 | 3654 | 99 | 2.0956-2.2269 | 0.1941 | 144 | 0.1561 | 3507 | 3651 | 99 | 2.2269-2.3988 | 0.2132 | 148 | 0.16 | 3484 | 3632 | 98 | 2.3988-2.6402 | 0.2026 | 145 | 0.1636 | 3475 | 3620 | 98 | 2.6402-3.0222 | 0.1845 | 145 | 0.1767 | 3458 | 3603 | 97 | 3.0222-3.8075 | 0.1752 | 139 | 0.1618 | 3432 | 3571 | 96 | 3.8075-48.5779 | 0.1711 | 138 | 0.1675 | 3411 | 3549 | 94 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.9137 | 0.2459 | 0.279 | 0.9049 | 0.0326 | 0.7172 | 0.037 | -0.1678 | 0.156 | 0.1058 | -0.0033 | 0.0781 | -0.09 | -0.0616 | 0.0322 | 0.0197 | 0.0192 | 0.0166 | 0.0448 | -0.0184 | 0.0326 | 6.6327 | 13.6679 | 9.9439 | 2 | 0.5027 | 0.3037 | 0.0768 | 0.7537 | 0.3242 | 0.5941 | 0.0017 | 0.0253 | -0.026 | -0.0229 | 0.0395 | -0.0102 | 0.0409 | 0.003 | -0.0156 | 0.0463 | -0.0008 | -0.0058 | 0.0617 | 0.0043 | 0.0564 | 30.3866 | 20.2584 | -9.3526 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:209 | A-10 - 164 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:207 | B-9 - 164 | | |
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