ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.72→48.244 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8879 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.75 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2005 | 1570 | 3.97 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1679 | - | - | - |
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obs | 0.1692 | 39514 | 98.15 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.004 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 53.32 Å2 / Biso mean: 15.4172 Å2 / Biso min: 2.17 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.917 Å2 | -0 Å2 | 0.2029 Å2 |
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2- | - | -0.0099 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.9269 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→48.244 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2745 | 0 | 87 | 325 | 3157 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 3003 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.146 | 4059 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.076 | 440 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 529 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.746 | 1117 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.72-1.7756 | 0.2862 | 145 | 0.2357 | 3482 | 3627 | 99 | 1.7756-1.839 | 0.2293 | 145 | 0.2041 | 3462 | 3607 | 99 | 1.839-1.9127 | 0.2354 | 144 | 0.1804 | 3474 | 3618 | 99 | 1.9127-1.9997 | 0.2155 | 141 | 0.169 | 3481 | 3622 | 99 | 1.9997-2.1051 | 0.184 | 145 | 0.1527 | 3469 | 3614 | 99 | 2.1051-2.237 | 0.1948 | 142 | 0.1472 | 3464 | 3606 | 99 | 2.237-2.4097 | 0.186 | 143 | 0.1516 | 3453 | 3596 | 98 | 2.4097-2.6522 | 0.2089 | 144 | 0.1552 | 3439 | 3583 | 98 | 2.6522-3.036 | 0.1959 | 145 | 0.1678 | 3437 | 3582 | 97 | 3.036-3.8247 | 0.1772 | 140 | 0.1629 | 3377 | 3517 | 96 | 3.8247-48.2629 | 0.1945 | 136 | 0.1738 | 3406 | 3542 | 95 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.4401 | 0.1264 | 0.1432 | 0.3226 | -0.2746 | 0.4002 | 0.0757 | -0.1472 | 0.1734 | 0.1701 | 0.0392 | 0.1221 | -0.1763 | -0.0741 | 0.505 | -0.0832 | 0.0575 | 0.0795 | -0.0616 | -0.0724 | -0.1106 | 6.5043 | 14.8603 | 10.2785 | 2 | 0.3755 | 0.187 | 0.109 | 0.363 | 0.1084 | 0.2913 | 0.0124 | 0.0308 | -0.0548 | -0.0098 | 0.0514 | 0.0038 | 0.0792 | -0.0007 | 0.0015 | 0.0467 | -0.0069 | -0.0066 | 0.046 | 0.0046 | 0.0514 | 30.2751 | 21.297 | -9.4369 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:208 | A-10 - 164 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -10:209 | B-10 - 164 | | |
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