ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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XSCALE | | データスケーリング | | PHENIX | 1.7.1_743精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | Blu-Ice | | データ収集 | | PHENIX | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: PHENIX 開始モデル: PDB ENTRY 4E97 解像度: 1.67→48.311 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8352 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2393 | 1636 | 4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2048 | - | - | - |
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obs | 0.2062 | 40933 | 93.26 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.013 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 55.55 Å2 / Biso mean: 13.6937 Å2 / Biso min: 0.37 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.4636 Å2 | 0 Å2 | -0.0938 Å2 |
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2- | - | 1.0687 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.395 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→48.311 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2728 | 0 | 81 | 265 | 3074 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.012 | 2927 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.355 | 3945 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.086 | 433 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 507 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.37 | 1084 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.67-1.7191 | 0.3072 | 140 | 0.2558 | 3388 | 3528 | 97 | 1.7191-1.7746 | 0.2929 | 142 | 0.2379 | 3379 | 3521 | 97 | 1.7746-1.8381 | 0.274 | 142 | 0.2253 | 3381 | 3523 | 97 | 1.8381-1.9117 | 0.282 | 143 | 0.2215 | 3367 | 3510 | 96 | 1.9117-1.9987 | 0.2548 | 138 | 0.2067 | 3357 | 3495 | 96 | 1.9987-2.104 | 0.2096 | 135 | 0.1949 | 3328 | 3463 | 95 | 2.104-2.2359 | 0.2492 | 135 | 0.1864 | 3269 | 3404 | 93 | 2.2359-2.4085 | 0.2578 | 135 | 0.1947 | 3231 | 3366 | 92 | 2.4085-2.6509 | 0.2644 | 128 | 0.2046 | 3206 | 3334 | 91 | 2.6509-3.0344 | 0.2245 | 136 | 0.2142 | 3183 | 3319 | 90 | 3.0344-3.8228 | 0.2015 | 132 | 0.1901 | 3118 | 3250 | 88 | 3.8228-48.3312 | 0.2102 | 130 | 0.1975 | 3090 | 3220 | 86 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.4257 | 0.1047 | 0.2104 | 0.3054 | -0.2148 | 0.3443 | -0.0165 | -0.1237 | 0.1695 | 0.0949 | 0.0159 | 0.0683 | -0.0826 | -0.0787 | -0.1313 | -0.0001 | 0.0086 | 0.013 | 0.014 | -0.0042 | -0.0207 | 6.5004 | 14.5319 | 9.9395 | 2 | 0.2605 | 0.0823 | 0.0467 | 0.163 | -0.0195 | 0.2699 | 0.0251 | 0.0262 | -0.0732 | -0.0478 | 0.0396 | -0.028 | 0.1092 | 0.0357 | 0.0839 | 0.0401 | -0.0086 | -0.0112 | 0.0317 | 0.0002 | 0.039 | 30.4593 | 21.2357 | -9.4034 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain A and resid -10:210 | A-10 - 164 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain B and resid -9:207 | B-9 - 164 | | |
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